فعالیت‌های بعد از انقلاب وی به هنگام انقلاب اسلامی ایران از سوی امام خمینی به عضویت شورای انقلاب در آمد[۲۲] و مدیریت ستاد استقبال از امام خمینی را نیز به عهده گرفت. او از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و از بنیان‌گزاران جامعه روحانیت مبارز تهران بود و به عنوان دبیر آن انتخاب شده بود.[۲۳] پس از پیروزی انقلاب اسلامی عضو شورای گسترش آموزش عالی کشور و عضو هیأت علمی دانشگاه تهران شد، و سرپرستی دانشکده الهیات دانشگاه تهران را به عهده گرفت. او برای حفاظت از دستاوردهای انقلاب با همکاری آیت الله مهدوی کنی و شهیدان بهشتی و مطهری طرح کمیته انقلاب اسلامی را ارائه نمود و خود مسئولیت کمیته منطقه ۴ تهران را عهده‌دار شد.

وحدت حوزه و دانشگاه مفتح بر این باور بود که اگر چه حوزه و دانشگاه هر یک اهداف، برنامه‌ها و کارکردهای خود را دارند ولی می‌توانند با نگرشی توأم با احترام و اعتماد متقابل، با یکدیگر ارتباط داشته باشند، و به جای نفی و طرد و نفرت و بدبینی، به درک متقابل که آکنده از روح اطمینان است اهتمام ورزند. هر دو نظام آموزشی می‌توانند تقویت کننده و تکمیل کننده هم باشند و لازمه تحقق این برنامه آن است که با یکدیگر رابطه علمی و آموزشی داشته باشند و در مباحث فکری و فرهنگی و رفع معضلات اجتماعی از پیش همفکری و هم اندیشی نمایند.[۲۴]

شهادت گروهک فرقان در راستای ترور مخالفین فکری علی شریعتی کسانی چون مرتضی مطهری، حاج مهدی عراقی، قاسم روحانی و محمد مفتح را ترور کرد. برخی معتقدند مفتح اجازه نداده بود فرقانی‌ها در مسجد قبا فعالیت کنند و از مفتح کینه به دل گرفته بودند، نکته‌ای که فرزند او رد کرده است.[۲۵] مفتح در روز ۲۷ آذرماه ۱۳۵۸، ساعت نه صبح در دانشکده الهیات به دست سه نفر از اعضای گروهک فرقان ترور شد و در یکی از حجره‌های حرم حضرت معصومه(س) دفن شد.[۲۶] امام خمینی با صدور پیامی شهادت او را تسلیت گفت.[۲۷]

شادی روح مطهر و علو درجات شهید مفتح🌷 صلوات 🌺 اللهم صل علی محمد و آل محمد و عجل فرجهم 🌺

سلام علیکم اعمال امروزمان را از طرف عالم شهید🌷 شهید سید مصطفی خمینی🌷 تقدیم می کنیم به ساحت مقدس آقا علی بن موسی الرضا علیه السلام

ستاره ناشناخته فقيه مجاهد، آيت اللّه سيّدمصطفي خميني شخصيتي بود که بهرغم آوازه بلندش در تاريخ انقلاب اسلامي هنوز ناشناخته است؛ بزرگمردي که فقه و اجتهاد را در ميدان جهاد و هجرت محک زده بود و به حقّ پيشقراوليِ شهيدان انقلاب زيبنده نام اوست. او مصطفاي امام و انقلاب اسلامي است. حاج آقا مصطفي با کولهباري از علوم و معارف نابي که در مکتب پدر و ديگر بزرگان حوزه آموخته بود، مسير دشوار مبارزه را پا به پاي امام طي کرده بود. شهادتش تندر خروش و فرياد و قيام را در سال 56 در سرتاسر ايران، و بلکه جهان اسلام، به جنبش درآورد.

تولّد آيتاللّه سيّد مصطفي خميني در سال 1309 ش در شهر مقدس قم چشم به جهان گشود. نامش را به مناسبت نام جدّش مصطفي گذاشتند. کودکي خود را در فضايي ملکوتي و در دامن خورشيد فروزنده اسلام و پدري بزرگوار و مادري پاکسرشت و در محيطي پر از معنويّت و صفا و صميميّت سپري نمود.   تحصيلات آيتاللّه سيّد مصطفي خميني تحصيلات ابتدايي را در مدرسههاي باقريّه و سنايي قم به پايان رساند. علاقه فراوان وي به علوم اسلامي و روحانيّت و همچنين راهنماييهاي پدر بزرگوار و دوستان دلسوزش موجب گرديد که بعد از اتمام دوران ابتدايي به صف طلاّب حوزه علميّه بپيوندد. وي در راه فراگيري علومِ اهلبيت تلاش فوقالعادهاي داشت و همين امر با عث شد که در اندکزماني به مراتب علمي و فرهنگي چشمگيري دست يابد و در کمتر از شش سال دروس سطح حوزه را نزد استاداني همچون آيات بزرگوار شيخ مرتضيحائري، شهيد صدوقي، سلطاني و شيخ عبدالجواد اصفهاني به پايان رسانَد. وي بعد از شش سال تحصيل دروس سطحِ حوزه، در 22 سالگي به دوره تخصّصي خارج اصول و فقه وارد شد و از محضر استادان بزرگواري همچون آيات عظام حجّت، بروجردي، محقّق داماد، امام خميني، شاهرودي، خوئي، محمد باقر زنجاني و محسن حکيم بهره برد و در 27 سالگي به درجه اجتهاد نائل گرديد. استعداد و نبوغ حاج آقا مصطفي خميني از جمله بهترين شاگردان حضرت امام بود. وي از چنان هوش سرشاري برخوردار بود که علاوه بر فقه و اصول، در علوم معقول و فلسفه و کلام نيز در اندکزماني به مراتب بالاي علمي دست يافت. او منظومه حکمت را نزد يکي از استادان فلسفه آموخت و بلافاصله به تدريس آن پرداخت و طولي نکشيد از استادان برجسته حکمت شناخته شد. او اسفار را از علاّمه مرحوم سيّد ابوالحسن رفيعي قزويني و علاّمه عاليقدر سيّد محمّدحسين طباطبايي فرا گرفت. به برکت هوش سرشار و استعداد فوقالعادهاي که داشت هنوز به سي سالگي نرسيده بود که در دانشهاي معقول و منقول از جمله افراد صاحب نظر حوزه شد

تأليفات سيّد مصطفي خميني از نوابغ و برجستگان حوزههاي علميّه بود که در زمان کوتاهي در عرصه علم و عمل به مدارج عالي نائل شد. وي در کنار تحصيل و تدريس علوم اسلامي در فرصتهايي که پيش ميآمد به تأليف و نگارش ميپرداخت هرچند به قول برادر بزرگوارشان مرحوم حاج سيّداحمد خميني، «متأسفانه سيّد مصطفي پس از اتمام مراحل لازم و آغاز تقرير و بيان نظريات علمي و اجتهادي خود به شهادت رسيد»، اما در زمينههاي مختلف کتابهاي ارزندهاي را به يادگار نهاده است که از جمله آنهاست: 1. تفسير قرآن در چهار جلد (ناتمام)؛ 2. تحريرات في الاصول (3 جلد)؛ 3. قواعد الحکميه: حاشيه و تعليقه بر اسفار ملاصدرا؛ 4_ حاشيه بر هدايه ملاصدرا؛ 5. حاشيه بر طبيعيات اسفار ملاصدرا؛ 6. حاشيه بر مبدأ و معاد ملاصدرا؛ 7. حاشيه بر بخشهايي از عروة الوثقي؛ 8. القواعد الرجاليه؛ 9. حاشيه بر خاتمه مستدرک الوسائل. طبق آنچه در ويژهنامه شماره 81 و 82 مجله حوزه آمده است، شماره آثار مرحوم آيتاللّه شهيد مصطفي خميني به بيش از چهل عنوان کتاب ميرسد.