شهادت گروهک فرقان در راستای ترور مخالفین فکری علی شریعتی کسانی چون مرتضی مطهری، حاج مهدی عراقی، قاسم روحانی و محمد مفتح را ترور کرد. برخی معتقدند مفتح اجازه نداده بود فرقانی‌ها در مسجد قبا فعالیت کنند و از مفتح کینه به دل گرفته بودند، نکته‌ای که فرزند او رد کرده است.[۲۵] مفتح در روز ۲۷ آذرماه ۱۳۵۸، ساعت نه صبح در دانشکده الهیات به دست سه نفر از اعضای گروهک فرقان ترور شد و در یکی از حجره‌های حرم حضرت معصومه(س) دفن شد.[۲۶] امام خمینی با صدور پیامی شهادت او را تسلیت گفت.[۲۷]

شادی روح مطهر و علو درجات شهید مفتح🌷 صلوات 🌺 اللهم صل علی محمد و آل محمد و عجل فرجهم 🌺

سلام علیکم اعمال امروزمان را از طرف عالم شهید🌷 شهید سید مصطفی خمینی🌷 تقدیم می کنیم به ساحت مقدس آقا علی بن موسی الرضا علیه السلام

ستاره ناشناخته فقيه مجاهد، آيت اللّه سيّدمصطفي خميني شخصيتي بود که بهرغم آوازه بلندش در تاريخ انقلاب اسلامي هنوز ناشناخته است؛ بزرگمردي که فقه و اجتهاد را در ميدان جهاد و هجرت محک زده بود و به حقّ پيشقراوليِ شهيدان انقلاب زيبنده نام اوست. او مصطفاي امام و انقلاب اسلامي است. حاج آقا مصطفي با کولهباري از علوم و معارف نابي که در مکتب پدر و ديگر بزرگان حوزه آموخته بود، مسير دشوار مبارزه را پا به پاي امام طي کرده بود. شهادتش تندر خروش و فرياد و قيام را در سال 56 در سرتاسر ايران، و بلکه جهان اسلام، به جنبش درآورد.

تولّد آيتاللّه سيّد مصطفي خميني در سال 1309 ش در شهر مقدس قم چشم به جهان گشود. نامش را به مناسبت نام جدّش مصطفي گذاشتند. کودکي خود را در فضايي ملکوتي و در دامن خورشيد فروزنده اسلام و پدري بزرگوار و مادري پاکسرشت و در محيطي پر از معنويّت و صفا و صميميّت سپري نمود.   تحصيلات آيتاللّه سيّد مصطفي خميني تحصيلات ابتدايي را در مدرسههاي باقريّه و سنايي قم به پايان رساند. علاقه فراوان وي به علوم اسلامي و روحانيّت و همچنين راهنماييهاي پدر بزرگوار و دوستان دلسوزش موجب گرديد که بعد از اتمام دوران ابتدايي به صف طلاّب حوزه علميّه بپيوندد. وي در راه فراگيري علومِ اهلبيت تلاش فوقالعادهاي داشت و همين امر با عث شد که در اندکزماني به مراتب علمي و فرهنگي چشمگيري دست يابد و در کمتر از شش سال دروس سطح حوزه را نزد استاداني همچون آيات بزرگوار شيخ مرتضيحائري، شهيد صدوقي، سلطاني و شيخ عبدالجواد اصفهاني به پايان رسانَد. وي بعد از شش سال تحصيل دروس سطحِ حوزه، در 22 سالگي به دوره تخصّصي خارج اصول و فقه وارد شد و از محضر استادان بزرگواري همچون آيات عظام حجّت، بروجردي، محقّق داماد، امام خميني، شاهرودي، خوئي، محمد باقر زنجاني و محسن حکيم بهره برد و در 27 سالگي به درجه اجتهاد نائل گرديد. استعداد و نبوغ حاج آقا مصطفي خميني از جمله بهترين شاگردان حضرت امام بود. وي از چنان هوش سرشاري برخوردار بود که علاوه بر فقه و اصول، در علوم معقول و فلسفه و کلام نيز در اندکزماني به مراتب بالاي علمي دست يافت. او منظومه حکمت را نزد يکي از استادان فلسفه آموخت و بلافاصله به تدريس آن پرداخت و طولي نکشيد از استادان برجسته حکمت شناخته شد. او اسفار را از علاّمه مرحوم سيّد ابوالحسن رفيعي قزويني و علاّمه عاليقدر سيّد محمّدحسين طباطبايي فرا گرفت. به برکت هوش سرشار و استعداد فوقالعادهاي که داشت هنوز به سي سالگي نرسيده بود که در دانشهاي معقول و منقول از جمله افراد صاحب نظر حوزه شد

تأليفات سيّد مصطفي خميني از نوابغ و برجستگان حوزههاي علميّه بود که در زمان کوتاهي در عرصه علم و عمل به مدارج عالي نائل شد. وي در کنار تحصيل و تدريس علوم اسلامي در فرصتهايي که پيش ميآمد به تأليف و نگارش ميپرداخت هرچند به قول برادر بزرگوارشان مرحوم حاج سيّداحمد خميني، «متأسفانه سيّد مصطفي پس از اتمام مراحل لازم و آغاز تقرير و بيان نظريات علمي و اجتهادي خود به شهادت رسيد»، اما در زمينههاي مختلف کتابهاي ارزندهاي را به يادگار نهاده است که از جمله آنهاست: 1. تفسير قرآن در چهار جلد (ناتمام)؛ 2. تحريرات في الاصول (3 جلد)؛ 3. قواعد الحکميه: حاشيه و تعليقه بر اسفار ملاصدرا؛ 4_ حاشيه بر هدايه ملاصدرا؛ 5. حاشيه بر طبيعيات اسفار ملاصدرا؛ 6. حاشيه بر مبدأ و معاد ملاصدرا؛ 7. حاشيه بر بخشهايي از عروة الوثقي؛ 8. القواعد الرجاليه؛ 9. حاشيه بر خاتمه مستدرک الوسائل. طبق آنچه در ويژهنامه شماره 81 و 82 مجله حوزه آمده است، شماره آثار مرحوم آيتاللّه شهيد مصطفي خميني به بيش از چهل عنوان کتاب ميرسد.

مبارزات سياسي حاج آقا مصطفي خميني در دامن مکتبي بزرگ شده بود که سياست در آن عين ديانت به حساب ميآيد. لذا از همان روزهاي اول دوره جواني به دنبال پدر بزرگوارش در اين مسير قدم نهاد و با کمال جديّت و تلاش مشغول فعّاليّت شد. وي از سويي تحت تأثير شخصيّت نستوه پدر بزرگوارش حضرت امام خميني رحمهالله قرار داشت و از سويي ديگر به سبب شناخت عميق و متفکّرانهاي که نسبت به مسائل سياسي و فرهنگي روز کشور و جهان داشت، از همان سالهاي نوجواني و جواني به سوي مبارزات سياسي کشيده شد و توانست در روند حرکت پيروزمندانه انقلاب اسلامي ايران نقش مهمّي را ايفا نمايد. او کوشيد تا در تمامي سالهاي زندگي دست از جهاد و مبارزه برنداشته و همواره در مسير حمايت از دين و احکام الهي گام بردارد. ايشان در آغاز جواني با فداييان اسلام آشنا شد وي بعد از دستگيري حضرت امام رحمهالله در 15 خرداد سال 42، نقش بسزايي در به حرکت درآوردن نيروهاي مردمي داشت و قيام غرورانگيز مردم قم را رهبري کرد و با اين فرياد که «مردم، خميني را گرفتند» همه را بر ضدّ حکومت پهلوي بسيج نمود. او در تبعيدگاه ترکيه افزون بر ياري امام، پيامرسان نهضت اسلامي بود و از هر فرصتي که بهدست ميآمد، براي هدايت و مبارزه و افشاگري استفاده ميکرد مبارزه در زمان تبعيد مرحوم حاج آقا مصطفي خميني رحمهالله حتي در روزگاري که در عراق و نجف اشرف دوره تبعيد را ميگذراند در مقابل جنايتهاي استکبار جهاني به رهبري آمريکاي جهانخوار و صهيونيستها و دستگاه جبّار شاه و دولت بعث عراق سکوت نکرد و افزون بر مبارزه با نظام شاه از مبارزه با نظام بعث عراق نيز غافل نشد. فعّاليتهاي ايشان به حدّي بود که سبب شد در 21 خرداد سال 48 از طرف حزب بعث دستگير شده، به بغداد برده ميشود و رئيس جمهور عراق، حسن البکر، به او هشدار ميدهد که در صورت ادامه مخالفت، نظام عراق ناچار به تصميمي خواهد شد که موجب ناراحتي پدر بزرگوار او شود