ادامه تحصیلات در قم در ۱۳۵۳ش دوباره تصمیم گرفت برای ادامه تحصیل به نجف برود، اما دولت عراق به وی روادید نداد؛ از این‌رو، در همان سال راهی قم گردید و نزد اساتید این حوزه، مانند مکارم شیرازی، وحید خراسانی، تبریزی، حرم پناهی و سید کاظم حائری، اصول، فقه و تفسیر آموخت. همچنین از درس فلسفه مرتضی مطهری بهره برد. اخراج از ایران او هنگام تحصیل در قم در تظاهرات برضد حکومت پهلوی شرکت می‌کرد و به همین سبب بازداشت شد. چون وی از امضای تعهدنامه، مبنی بر شرکت نکردن در تظاهرات، سخنرانی‌ها و ارتباط با انقلابیون، خودداری کرد، در اواخر دی ۱۳۵۷، مجبور به ترک ایران شد و به پاکستان بازگشت. بازگشت به وطن وی از ۱۳۵۷ش تا اواخر ۱۳۶۳ش در مدرسه جعفریه پاراچنار به تدریس پرداخت. حسینی از مدرسه جعفریه پاراچنار در شبهای جمعه به دانشگاه پیشاور می‌رفت و اخلاق اسلامی تدریس می‌کرد.

حسینی، جهل و بی‌سوادی را علت اصلی عقب‌ماندگی و انحطاط جامعه اسلامی می‌دانست و برای مبارزه با بی‌سوادی و خرافه‌پرستی، اقدام به تأسیس مراکز فرهنگی (مانند مدرسه و کتابخانه و مسجد) نمود، از جمله مدرسه دارالمعارف الاسلامیه، جامعه اهل‌البیت و انوارالمدارس. وی علاوه بر توجه به نیازهای فرهنگی، عبادی و مذهبی مردم، به نیازهای بهداشتی و اقتصادی آنان نیز توجه داشت؛ لذا در مناطق محروم چند بیمارستان و درمانگاه تأسیس کرد، از جمله شفاخانه علمدار در شهرستان پاراچنار و یک درمانگاه در کراچی.

قسمت‌هایی از پیام امام خمینی به مناسبت شهادت عارف حسینی: پیام‌ها و تلگرافات تبریک و تسلیت شما در رابطه با شهادت جناب حجت الاسلام آقای سیدعارف حسین الحسینی این یار وفادار اسلام و مدافع محرومان و مستضعفان و این فرزند راستین سید و سالار شهیدان، حضرت ابی عبدالله الحسین - علیه‌السلام - واصل گردید. دردآشنایان جوامع اسلامی، همانان که با محرومان و پابرهنگان میثاق خون بسته‌اند، باید توجه کنند که در آغاز راه مبارزه‌اند و برای شکستن سدهای استعمار و استثمار و رسیدن به اسلام ناب محمدی راه طولانی در پیش دارند. و برای امثال علامه عارف حسین حسینی بشارتی بالاتر از این نبوده است که از محراب عبادت حقْ عروج خونین «ارجِعِی الی رَبِّکِ» را نظاره کند، و جرعه وصل یار را از شهد شهادت بیاشامد، و شاهد وصول هزاران تشنه عدالت به سرچشمه نور گردد. ملت شریف و مسلمان پاکستان، که بحق ملتی انقلابی و وفادار به ارزش‌های اسلامی بوده‌اند و با ما رابطه دیرینه گرم انقلابی، عقیدتی و فرهنگی دارند، باید تفکر این شخصیت شهید را زنده نگه دارند، و نگذارند شیطان زادگان جلوی رشد اسلام ناب محمدی - صلی الله علیه و آله و سلم - را بگیرند.اینجانب فرزند عزیزی را از دست داده ام. خداوند تعالی به همه ما توفیق تحمل مصائب و توان ادامه راه پر فروغ شهیدان را بیشتر از پیش کرامت فرماید؛ و توطئه و مکر ستمگران را به خودشان برگرداند؛ و ملت پرکرامت اسلام را در مسیر جهاد و شهادت ثابت قدم نگه دارد. امام خمینی، صحیفه نور، ۱۳۷۸ش، ج۲۱، ص۱۱۹ و ۱۲۱. وی نماینده امام خمینی در امور حسبیه و وجوه شرعی در پاکستان بود.

مزار شهید عارف حسینی در پاراچنار پاکستان

همین تربت پاک شهیدان است که تا قیامت مزار عاشقان و عارفان و دلسوختگان و دارالشفای آزادگان خواهد بود.(امام خمینی-ره-) شادی روح همه‌ شهدا خصوصا شهید با کرامت از ذریه حضرت زهرا سلام الله علیها سید عارف حسین حسینی❣️صلوات محمدی 💐اللهم صل علی محمد و آل محمد و عجل فرجهم💐

🎬 کلیپ☝️☝️☝️ #تلنگر : ما شیعه حسین هستیم! حسین علیه السلام، زیر باران تیر و نیزه هم، کنار نمی گذارد نماز اول وقتش را⏰ ما چطور؟! عمل به #تکلیف میکنیم؟ چقدر انطباق داریم با #امام_زمان خویش؟! 👆 👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇 ╔══ ⚘ ═══ ⚘ ══╗  eitaa.com/joinchat/2471428100C37c31cf7b3 ╚══ ⚘ ═══ ⚘ ══╝

🎬 کلیپ☝️☝️☝️ #تلنگر : ما شیعه حسین هستیم! حسین علیه السلام، زیر باران تیر و نیزه هم، کنار نمی گذارد نماز اول وقتش را⏰ ما چطور؟! عمل به #تکلیف میکنیم؟ چقدر انطباق داریم با #امام_زمان خویش؟! 👆 👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇 ╔══ ⚘ ═══ ⚘ ══╗  eitaa.com/joinchat/2471428100C37c31cf7b3 ╚══ ⚘ ═══ ⚘ ══╝

#حــرف_حســــــاب…🔊🔊🔊 هنوز هم #شهادت می‌دهند 🗯اما به "اهل درد" نه به بی‌خیال‌ها😏 فقط #دم_زدن از شهدا افتخار نیست… 💥 باید 🔅زندگیمان 🔅حـرفمـان 🔅نگـاهمـان 🔅لقمه‌هایمان 🔅رفاقتمان هم بوی #شهدا بگیرد.😌 🌹🍃🌹🍃

🔻معجزات شهدا 🎙راوی: استاد #رائفی_پور ♥️شهیدی که به خاطر بیقراری های مادرش نشانی قبرش را داد👇👇 من توی دانشگاه روبروی مغازه بابا دفنم 👌👌 #بسیار_شنیدنی 🍃🌹🍃🌹 @shahidNazarzadeh

🎥💕 #عشق عجیب #دختر_آمریکایی به شهدا 💕🕊 👈امیدوارم ایرانی ها همیشه #استوار بمانند ✌ قدرشهدارو بدونید 🕊این کلیپ زیبا رو ازدست ندید #شهدا_شرمنده_ایم