ساواک و مجاهدین خلق (منافقین) ساواک در ابتدا واکنش سریعی علیه این گروه مسلح نداشت و با‌حوصله، مدت زیادی آن‌ها را تعقیب کرد تا خط و ربط‌ها و نیز خانه‌های تیمی آن‌ها را پیدا کند و با آرامش خاطر، ضربه شهریور ۱۳۵۰ را به این گروه وارد آورد و با هجوم گسترده، توانست بیشتر نیروهای آن را در خانه‌های تیمی مرکزیت دستگیر کند. سپس تلاش کرد تا از طریق نفوذ در این گروه و همکاری اعضای بریده آن، روند مبارزه را در این سازمان تغییر دهد. در مواردی نیز هرچند افرادی مانند رضا رضایی و تقی شهرام از چنگال آن‌ها فرار کردند و درظاهر به آن‌ها ضربه وارد کردند، اما درهر دوی این اتفاقات ردّپای خود ساواک نیز دیده می‌شود. روزنامه‌ها در تاریخ ۳۰فروردین۱۳۵۱ ضمن اعلام اسامی چهارنفر از اعضای اعدامی گروهی مسلح، درباره اعترافات رجوی و همکاری‌های وی با ساواک توضیح‌داده و اعلام کردند که اطلاعات وی درباره کادرها و اعضای بازداشت‌شده و نشده بسیار ارزشمند بوده است و حتی کروکی محل اقامت آن‌ها را به تفصیل بیان کرده است. ارتشبد نصیری، رئیس سازمان امنیت نیز در نامه‌ای که به دادرسی ارتش می‌نویسد، مسعود رجوی را همکار ساواک دانسته است و اعلام کرده که «در جریان تحقیقات کمال همکاری را در معرفی اعضای سازمان مکشوفه به‌عمل‌آورده و اطلاعاتی که در اختیار گزارده از هر جهت در روشن‌شدن وضعیت شبکه مزبور مؤثر و مفید بود؛ لذا به‌نظر این سازمان، استحقاق ارفاق و تخفیف مجازات را دارد.» بدین‌ترتیب با پیشنهاد عفو ملوکانه محمدرضاشاه، رجوی با یک‌درجه تخفیف، از اعدام رهایی جست. هر چند بعد از انقلاب نشریات سازمان در خارج از کشور تلاش‌های برادر وی کاظم رجوی و فشار بین‌المللی را دلیلی برای اعدام‌‌نشدن وی دانسته‌اند، اما هیچ‌گاه توضیح ندادند چرا این فشارهای بین‌المللی تنها باعث جلوگیری از اعدام رجوی شد و نه دیگران. https://www.habilian.ir/fa/vije/vijenameha/Vijenameha/v019_hayate_bisamar/page05_04.html

سند همکاری مسعود رجوی با ساواک پس از سقوط رژیم پهلوی سند مهم دیگری به دست آمد که در اصل از میان سندهای موجود در پرونده رجوی گم شده بود. این سند نشان می داد که کاظم رجوی، از سال 1349 با نام مستعار «میرزا» منبع ساواک بوده است. اسناد ساواک نشان دهنده این است که مسعود رجوی در زندان با ساواک همکاری کرد به همین دلیل حکم اعدام او به حبس ابد تغییر یافت. پس از گذشت مدتی، اعلام شد که رجوی با یک درجه تخفیف به حبس ابد محکوم شده است. آنچه در آن زمان در مطبوعات رژیم منعکس شد حاکی از همکاری وی با تیم بازجویی در متلاشی کردن تشکیلات بود و سند همکاری رجوی نیز منتشر شد. با این وجود، سازمان همواره ادعا می کرد که چون برادرِ مسعود رجوی (کاظم) با شخصیت های سیاسی اروپایی آشنا بوده، وساطت آنها باعث این تخفیف شده است. https://hawzah.net/fa/Note/View/52288/سند-همکاری-مسعود-رجوی-با-ساواک