او توانست به صورت پنهان، دانشجویان پیرو خط امام را تحریک و تشویق به حمله به سفارت آمریکا و اشغال آن کند. بعد از تسخیر سفارت نیز وی به عنوان امام جماعت دانشجویان محسوب می شد و همین طور رابط بین دانشجویان و امام بوده است. برخی از بررسی ها نیز نشان می دهد که بسیاری از اسناد لانه جاسوسی توسط موسوی خوئینی ها به بیرون از سفارت انتقال داده شد. اسنادی که تا به امروز خبری از آنها نیست.
در واقعه ی هشت شهریور سال 60، شهید رجایی در مقام رئیس جمهور و شهید باهنر در جایگاه نخست وزیر، به صورت کاملاً مشکوکی ترور شدند. بخش هایی از حقیقت ماجرای این ترور که تا امروز نمایان شده این است که فردی به نام «کشمیری» – که خود را بسیار متدیّن و انقلابی نشان می داد- به واسطه ی برخی از اعضای «سازمان مجاهدین انقلاب» به ویژه «بهزاد نبوی»، در حلقه ی یاران شهید رجایی نفوذ داده شد و پس از انجام عملیات ترور، از سوی خود همین افراد، از کشور متواری گردید. تنها کسی که توانست به لایه ی زیرین این داستان پی ببرد، شهید مظلوم، «سید اسدالله لاجوردی» بود که به سبب مسؤولیت خود در قوّه ی قضائیه، این پرونده را در اختیار گرفت. اما نفوذ سیاسی سازمان مجاهدین انقلاب در قوه ی قضائیه موجب شد این پرونده به سرانجام نرسد، تا آن جا که موسوی خوئینی ها موفق شد این پروند را «خاتمه یافته» اعلام کند و بهزاد نبوی و سایر نقش آفرینان این واقعه را از زیر تیغ عدالت شهید لاجوردی برهاند. به این ترتیب، موسوی خوئینی ها، خوش خدمتی بسیار بزرگی به هسته ی مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب کرد.
در این دوره، وی به شدّت از نگرش «سوسیالیستی» در اقتصاد و «ضدّامپریالیستی» در سیاست خارجی دفاع می کرد و هیچ گونه نقد و مخالفتی را در این حوزه، برنمی تابید. اما «تظاهر سیاسی»، جامه ای بود که او در تعویض و جایگزینی آن، مهارت خاصی داشت؛ چراکه وی با رحلت امام، با شخصیت دهه ی شصتی خود وداع کرد و در قالب و قامتی نو، جلوه گر شد. با رحلت امام، خودسانسوری سیاسی و ایدئولوژیک موسوی خوئینی ها، تا اندازه ای پایان یافت؛ چنان که او دیگر در به نمایش نهادن پاره هایی از افکار و اندیشه های ضدّانقلابی خود، چندان پروا و هراسی نداشت، زیرا تصور می کرد که دیگر سدّ آهنینی چون امام در مقابلش قرار ندارد و به راحتی می تواند از خطوط قرمز عبور کند.
این فصل از زندگانی فکری و سیاسی موسوی خوئینی ها، شنیدنی و عبرت آموز است. در واقع، در این مقطع است که آخرین نسخه از شخصیت وی بروز می کند و به رقم خوردن دو فتنه ی بزرگ می انجامد: فتنه ی سال 78 و فتنه ی سال 88. در هر یک از این فتنه ها، موسوی خوئینی ها، نقش کلیدی و محوری، اما پنهان و ناپیدا، بر عهده داشت. تحلیل و بازخوانی عملکرد و سیاست های او در «مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری»، روزنامه ی «سلام» و حزب «مجمع روحانیون مبارز»، این ادعا را به روشنی اثبات می کند. البته ناگفته نماند که چهره ی پردهنشین اصلاحات، همواره ترجیح داده در پشت صحنه ی سیاست، ایفای نقش و بازی گردانی کند تا ردپا و اثری از خود به جا نگذارد.
محمد موسوی خوئینی ها در سال 1369 از سوی رئیس جمهور وقت، هاشمی رفسنجانی، عهده دار ریاست «مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری» شد. او که تا سال 1372 در این جایگاه باقی ماند، برخی از عناصر کلیدی طیف چپ را که عموماً سمتی در نظام سیاسی نداشتند، در این مرکز، گرد هم آورد: سعید حجاریان (معاون سیاسی)، عباس عبدی (معاون اجتماعی)، محسن کدیور (معاون اندیشه)، هاشم آقاجری، علیرضا علوی تبار، مجید محمدی، مصطفی تاج‌زاده، بهزاد نبوی، محسن سازگارا، محمد امین‌زاده و محسن آرمین از جمله ی این افراد بودند. تمام تلاش های تئوریک مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری در این مقطع، معطوف به پروژه ای به نام «توسعه ی سیاسی» بود که البته ماهیت آن چیزی غیر از «دموکراتیزاسیون» به سبک غربی نبود.
این عده بر این باور بودند که تحقق توسعه ی سیاسی در ایران، نیازمند ایجاد تغییرات بنیادی در «ساختار سیاسی» نظام جمهوری اسلامی است. افزون بر این، باید «فرهنگ سیاسی» مردم نیز متناسب با فرهنگ یک جامعه ی توسعه یافته و مدرن، دگرگون شود. به این ترتیب، در قالب پروژه ای علمی- راهبردی در درون لایه ی تئوریک دولت هاشمی رفسنجانی، فرایند «استحاله » و «براندازی»، کلید خورد و تئوریزه گردید. همچنین در راستای تربیت نیروی انسانی و کادرسازی، موسوی خوئینی ها حدود پانصد نفر از نیروهای فکری دگراندیش را با بورس دولت، برای تحصیل رشته های مختلف علوم انسانی سکولار به دانشگاه های اروپایی اعزام کرد. این عده بعدها در جریان اصلاحات، به «نیروهای دانشگاهی» و «عقبه ی تئوریک مطبوعات زنجیره ای» تبدیل شدند. سرانجام، موسوی خوئینی ها در سال 72 از سمت خود استعفا می دهد و حسن روحانی جایگزین او می شود.
موسوی خوئینی ها در سال 1370، روزنامه ی «سلام» را تأسیس کرد که به محفلی مطبوعاتی برای جمعی از نیروهای فکری استحاله شده و زاویه پیداکرده ی با انقلاب تبدیل شد. روزنامه ی «سلام» و گروه مطبوعاتی آن، که به شدّت به سیاست های هاشمی رفسنجانی اعتراض داشتند، در جریان انتخابات ریاست جمهوری در سال 76، تلاش زیادی برای دفاع از محمد خاتمی کردند. سرانجام، روزنامه ی «سلام» در سال 78 به دلیل انتشار یک سند جعلی منسوب به وزارت اطلاعات، از سوی قوه ی قضائیه، توقیف گردید. این اقدام - انتشار سند امنیتی مربوط به وزارت اطلاعات – آن چنان چالش انگیز و پرمخاطره بود که حتی سعید حجاریان به خود جرأت نداد که در روزنامه ی خود - روزنامه ی «صبح امروز»- دست به انتشار آن بزند. تنها گزینه ا ی که می توانست از پیامدهای سخت چنین اقدامی جان سالم به در ببرد، موسوی خوئینی ها بود. از این رو، انتشار این سند از سوی اتاق فکر مطبوعات زنجیره ای، به روزنامه ی «سلام» واگذار شد.
ماجرای یاد شده از این قرار بود که در واکنش به لجام گسیختگی و هنجارشکنی های پی در پی مطبوعات زنجیره ای اصلاح طلبان، طرح «اصلاح قانون مطبوعات» در تیرماه سال 1378، در کمیسیون فرهنگی مجلس پنجم، مطرح و در چهار بند، به تصویب رسید:
الف. ممنوعیت فعالیت مطبوعاتی برای عوامل بیگانه، اعضای گروهک‌های تروریستی و ضدّانقلاب، جاسوسان، وابستگان و سردمداران رژیم طاغوت و ...؛
ب. منع شدن مطبوعات کشور از دریافت کمک مالی از کشورهای بیگانه؛
ج. ضمانت اجرایی برای مقابله با افراد دولتی یا غیردولتی که نشریات را برای چاپ مطلب یا مقاله‌ای زیر فشار قرار داده یا آنها را وادار به سانسور نمایند؛
د. لزوم التزام عملی مدیران مسئول و صاحبان امتیاز نشریات به قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران.
مرکز اندیشنده ی مطبوعات زنجیره ای به منظور مقابله با به تصویب رسیدن این طرح در مجلس، نقشه ی خائنانه ای را طراحی و اجرای آن را به موسوی خوئینی ها واگذار کرد. در پانزدهم تیر، یعنی یک روز پیش از تصویب قانون مطبوعات در مجلس، روزنامه ی «سلام» با توجه به افشا شدن قضایای پشت پرده ی قتل های زنجیره ای، دست به انتشار یک سند جعلی منسوب وزارت اطلاعات زد؛ روزنامه های زنجیره ای به صورت یکپارچه بر ضدّ اقدام دادگاه مبنی بر توقف روزنامه ی سلام موضع گرفتند و تهدید کردند که این اقدام، هزینه ی سنگینی را برای نظام به دنبال خواهد داشت و آن هزینه ی سنگین چیزی نبود مگر فتنه ی تیرماه سال 78 که از سوی همین حلقه ی پنهان، طراحی و اجرا شد.