نواب صفوی پس از ایجاد نا آرامی‌های سیاسی بر علیه حکومت در مدرسه صنعتی آلمانی‌ها[۷] به آبادان رفته و در شرکت‌ نفت‌ استخدام گردید. وی در آبادان نیز با اعتراض به‌ اهانت‌ یک‌ انگلیسی به کارگر ایرانی، شورشی برپا کرد و در پی آن از شرکت نفت به طور مخفیانه بیرون آمده و راهی حوزه علمیه‌ نجف‌ اشرف شد.[۸] تاریخ این مهاجرت باید در فاصله سال‌های ۱۳۱۹-۱۳۲۱ش بوده باشد، تحصیل وی در این شهر، سه سال و نیم به طول انجامید و در حین درس خواندن برای تامین زندگی خود کار می‌کرد[۹]و نقل شده است که در این دوران از وجوهات‌ شرعی‌ استفاده نمی‌نمود.[۱۰] در این تاریخ، آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی محوریت حوزه نجف را داشت. نواب در مدرسه بزرگ آخوند خراسانی حجره‌ای گرفت و مطابق با برخی منابع نزد استادان مشهوری مانند علامه امینی (صاحب‌ الغدیر)، آیت‌الله حاج آقا حسین‌ قمی و آیت‌الله آقا شیخ محمد تهرانی به تحصیل فقه، اصول، تفسیر قرآن و مباحث اعتقادی پرداخت. یکی از همراهان سید مجتبی در این دوره،‌ سید اسدالله مدنی‌ بود‌ و گفته شده بیشترین بهره علمی را در نجف از علامه امینی برده است.