در سال‌های پرتنش دهه سی شمسی، مبارزات مشترک مذهبیون به رهبری سید ابوالقاسم کاشانی و ملی گراها به رهبری مصدق بر علیه حکومت پهلوی به اوج خود رسیده بود که ملی شدن صنعت نفت یکی از اهداف این مبارزات و رزم آرا نخست وزیر وقت مهم‌ترین مانع جهت تحقق آن به شمار میرفت.[۳۲]
بنابر روایت برخی نزدیکان به جمعیت فدائیان اسلام، در آن روزها نواب صفوی با برخی از سران جبهه ملی از جمله دکتر فاطمی، حسین مکی و حائری زاده [یادداشت ۳] و چند نفر دیگر ملاقاتی ترتیب داده و از آنان درباره اجرای احکام اسلام در صورت به قدرت رسیدن جبهه ملی عهد میگیرد. با قبول این پیمان از جانب نمایندگان ملّیون، نواب نیز قول حذف فیزیکی رزم آرا به عنوان مانع اصلی ملی شدن صنعت نفت و اداره حکومت بر اساس موازین اسلام را به آنان می‌دهد.
با آغاز دوران نخست‌وزیری مصدق، اختلافات وی با نواب شروع شد، دستگیری‌های متعدد اعضای فدائیان اسلام از جانب دولت ملی، اعتراض‌های نواب به این بازداشت‌ها[۳۴][۳۵]، همچنین صدور بیانیه‌هایی از جانب نواب که در آن خواستار اداره کشور توسط پیشوای مسلمین شده بود به این اختلافات دامن زد،[۳۶] در نتیجه آن نواب در ۱۳ خرداد ۱۳۳۰ شمسی دستگیر و به زندان قصر منتقل شد.[۳۷]. نواب صفوی به مدت بیست ماه از بیست و هشت ماه دولت مصدق را در زندان بود و تنها زندانی سیاسی این دوره است.[۳۸]
علت این محکومیت در دادگاه حمله نواب به یک مغازه مشروب فروشی در ساری مربوط به دوسال قبل از دستگیری اعلام شد. در پی این واقعه پنجاه و یک تن از فدائیان پس از ورود به زندان برای ملاقات با نواب خارج نشده و در آن‌جا برای آزادی رهبرشان متحصن شدند؛ این تحصن توسط نظامیان وقت به پایان رسید.[۳۹] و این کشمکش‌ها به اختلاف میان فدائیان و سید ابوالقاسم کاشانی نیز منجر شد.
فدائیان اسلام تا پیش از استوار شدن جایگاه آیت الله بروجردی مورد حمایت برخی مراجع قم از جمله آیت الله محمد تقی خوانساری بودند. اما بنابر روایات شفاهی موجود از سال ۱۳۲۹ش به بعد نواب و طرفدارانش مشکلاتی با دستگاه آیت الله بروجردی پیدا کردند.[۴۱]
ریشه این اختلافات را در نوع نگاه و نگرش فدائیان که سخت سیاسی بودند با آیت الله بروجردی که چنین نگاهی به سیاست و مداخله در آن نداشت (تا جایی که هیچ مداخله‌ای در جریان ملی شدن صنعت نفت نکرد) دانسته‌اند.[۴۲] این اختلافات با ورود و نفوذ فدائیان در حوزه علمیه قم شدت گرفت و تا منازعات فیزیکی برخی منسوبین به بیت آیت الله بروجردی از جمله فردی به نام شیخ علی لر با شماری از فدائیان پیش رفت.
مطابق برخی نقل‌ها آیت الله بروجردی در یکی از جلسات درس خود و در یکی از برخوردهای مستقیم با فدائیان اسلام می‌گوید: «دعوت به اسلام و مبارزه برای اسلام که بدین صورت نیست. با تهدید و غصب اموال مردم که نمی‌شود مبارزه کرد.» این سخنان در پی نامه‌هایی بود که در شکایت از فدائیان به وی رسیده بود.[۴۴]
برخی افراد بروز این اختلافات و موضعگیریها را حاصل اقدامات برخی افراد مشکوک می‌دانند که هم میان طرفداران فدائیان در قم و هم در میان هواداران آیت الله بروجردی حضور داشتند.[۴۵]
در کنار این جریانات، خاطرات مختلفی درباره کمک‌های مالی آیت الله بروجردی به فدائیان و به خصوص نواب صفوی وجود دارد.[۴۶] نواب در یکی از بازجویی‌ها با اذعان به اعلمیت آیت الله بروجردی و درباره عدم اقدام سیاسی توسط وی می‌گوید: «من سرباز اسلام هستم و آقای بروجردی افسر هستند. و تا زمانی که سرباز هست، افسر به میدان نمی‌رود. ایشان، مقامشان عالیتر است و از طرفی، ما هستیم، اگر ما نبودیم، ایشان اقدام می‌فرمودند. و با وجود ما، لازم نیست که ایشان اقدام بکند.»