در سال ۱۳۵۲، ساواک به مدرسه فیضیه یورش برد و تعدادی از طلبه‌ها را شهید و عده‌ای را نیز دستگیر کرد؛ اما سیداحمد با تیزهوشی از معرکه گریخت. ساواک که او را خوب می‌شناخت، به تعقیبش پرداخت. از آن پس، او مخفیانه به فعالیت خود ادامه می‌داد.عوامل ساواک بارها با به کار بردن شگردها و حقه‌های مختلف، برای دستگیری‌اش به خانواده او و اطرافیان او سر می‌زدند؛ اما موفق نمی‌شدند. همسرش در این‌باره می‌گوید: “ماموران ساواک که در تعقیب سید بودند، با بهانه‌های گوناگون به منزل ما می‌آمدند تا بتوانند او را دستگیر کنند؛ اما سید با زیرکی تمام از چنگشان فرار می‌کرد. حجت‌الاسلام نبوی، پس از ماه‌ها فعالیت مخفی و فرار از این شهر به آن شهر، در سال ۱۳۵۴ در تهران دستگیر شد و مدت ۳ ماه در “زندان کمیته”، تحت سخت‌ترین شکنجه‌ها قرار گرفت. پس از آن سید را به زندان “اوین” منتقل کردند. همزمان با اوج‌گیری انقلاب اسلامی، به همراه دیگر زندانیان سیاسی، از زندان آزاد شد. پس از آزادی از زندان، به رغم وجود آثار شکنجه، با شوری انقلابی، به مبارزه‌اش علیه رژیم ستمشاهی ادامه داد و همدوش با مردم مسلمان و انقلابی، در صحنه‌های مختلف انقلاب حضور یافت و تا پیروزی انقلاب اسلامی، لحظه‌ای از پا ننشست. حجت‌الاسلام نبوی، پس از پیروزی انقلاب اسلامی و استقرار نظام اسلامی، خود را بی هیچ توقعی و بدون شائبه ریا و ریاست، وقف خدمت به انقلاب کرد. هر جا به او نیاز داشتند، مشتاقانه وارد عمل شد