حجت‌الاسلام نبوی در سال ۱۳۶۱ به فرماندهی سپاه پاسداران “قم” منصوب شد و از شهر کرد به قم رفت، و به ساماندهی و سازماندهی تشکیلات سپاه پاسداران قم همت گماشت و با فعالیتهای شبانه‌روزی و خستگی‌ناپذیر، خود، تحولی عظیم در سپاه قم پدید آورد. یکی از همکارانش در قم، درباره اقدام‌های او می‌گوید: “در قم دایره کار سید خیلی وسیع بود. به همین خاطر، صبح اول وقت به سپاه می‌آمد و آخر شب به منزل می‌رفت.
و بعد فرهنگی و نظامی سپاه توجه خاص داشت. در کنار این کارها و مسؤولیت‌های سنگین، به مشکلات رفاهی پاسداران نیز رسیدگی می‌کرد؛ در حالی که خودش در یک خانه محقر و بسیار ساده زندگی می‌کرد، اما در طول اقامتش در سپاه قم، مشکل مسکن تعداد زیادی از برادران پاسدار را حل و آنان را صاحب خانه کرد.
“حجت‌الاسلام نبوی در سال ۱۳۶۲ به عنوان فرمانده ناحیه سپاه “شهر ری” بر گزیده شد و تحولاتی درخشان و چشمگیر در تشکیلات سپاه و بسیج این ناحیه پدید آورد. سپاه پاسداران شهر ری را از پایگاه به ناحیه تبدیل کرد و برای توسعه سپاه، زمینی را با پیگیری زیاد، از شهرداری تحویل گرفته و ساختمان جدید سپاه شهرری را احداث کرد.