او در بعلبك، در سايه شهرت علمي، مرجعيت يافت و دانشمندان فرزانه و فضلاي آن ديـار، از دوردسـت ترين بلاد براي استفاضه علمي به محضر او روي مي آوردند و از بركات علمي و اخـلاقـي او بـهره كافي مي گرفتند. وي در اين شهر، تدريس جامعي را آغاز كرد، به اين معني كه چـون نـسبت به مذاهب پنج گانه جعفري، حنفي، شافعي، مالكي و حنبلي از لحاظ آگاهي علمي كـامـلا مـحيط و مسلط بود، بر اساس تمام اين مذاهب پنجگانه تدريس مي نمود و در حقيقت 👈 فقه مقارن وعقائد تطبيقي👉 را تدريس مي كرد و چنانكه سلف صالح او، يعني شيخ طوسي (قدس سره) براي نخستين بار كتابي در زمينه فقه تطبيقي و حقوق تطبيقي اسلام تاليف كرده بود، شهيد ثاني براي نخستين بار تدريس فقه تطبيقي را در شهر بعلبك بنياد نهاد توده مردم نيز بر حسب مذهب خود، پاسخ استفتائات خويش را از محضر او دريافت مي كردند.