تحصیلات آیت‌الله غفاری شهید آیت‌الله شیخ حسین غفاری از شش سالگی تحصیل را آغاز نمود. مقدمات دروس را در زادگاهش آذرشهر در محضر حجت‌الاسلام و المسلمین میرزا محمدحسن منطقی دهخوارقانی فرا گرفت آن گاه وارد حوزه علمیه تبریز شد و در این حوزه از جلسه درس بزرگان، کسب دانش نمود و تلاش و کوشش فراوان برای فراگیری علوم دینی از خود نشان می‌داد و بعضی مواقع شب‌ها تا صبح مطالعه می‌کرد. او در حوزه علمیه تبریز برجستگی خاصی از خود نشان داد تا آنجا که زبان‌زد هم‌درسان و هم بحث‌هایش شده بود و اساتید وی نیز از تلاش و فعالیت او اظهار رضایت می‌کردند. شهید غفاری آن‌گاه مصمم شد تحصیلات خود را در کنار بارگاه فاطمه معصومه (علیهاالسلام) کریمه اهل بیت عصمت و طهارت ادامه دهند. لذا برای بهره‌گیری از جلسات درسی اساتید بزرگوار قم از تبریز به قم مشرف شد و در این حوزه فقه و اصول و مراحل عالی را از محضر بزرگان فرزانه‌ای چون آیات عظام فیض قمی ـ بروجردی و خوانساری فراگرفت. اساتید شهید غفاری در طول حیات طیبه خود از استادان فرزانه‌ای بهره گرفت مانند: ۱. امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه)؛ ۲. آیت‌الله آقا سید محمد حجت کوه کمره‌ای (رحمة‌الله‌علیه)؛ ۳. آیت‌الله العظمی سید شهاب الدین نجفی مرعشی (رحمة‌الله‌علیه)؛ ۴. علامه طباطبایی (رحمة‌الله‌علیه) صاحب تفسیر المیزان؛ ۵. آیت‌الله آقا سید احمد خوانساری (رحمة‌الله‌علیه)؛ ۶. آیت‌الله آقا سیدمحسن میرغفاری آذرشهری 7 . آیت‌الله حاج میرزا علی مقدس (مشهور به حاج مقدس آقا)؛ ۸. آیت‌الله حاج شیخ علی پیش‌نماز دهخوارقانی مشهور به (توتونچیان)؛ ۹. آیت‌الله آمیرزا محمدحسن منطقی دهخوارقانی.