شهید محمد بنیادی در سحرگاه ۲۷ آذر ۱۳۳۷ در شهر مقدس قم به دنیا آمد. از آنجا که پدرش روحانی بود پیش از ورود به مدرسه به فراگیری قرآن نزد پدر مشغول شد و جان تشنه معنویت خود را با کوثر جاری قرآن سیراب نمود. تحصیلات ابتدایی را در مدرسه خواجو گذراند. او که علاقه خاصی به فراگیری علم و دانش داشت مدارج ترقی را یکی پس از دیگری پست سر گذاشت و برای تحصیل در مقطع متوسطه وارد دبیرستان دین و دانش قم شد. از آنجا که وی در خانواده اي روحاني بزرگ شده بود از همان ايام پیش از بلوغ، به فرايض ديني توجهي تمام داشت و در عمل به آن ها کوشا بود. پس از رسيدن به سن بلوغ، عبادت و بندگي او نيز به رشد و تعالي خاصي رسيد؛ تا جايي که هنگام تحصيل در مدرسه، بيشتر شبها براي نماز شب برمي خاست. پدر ایشان که علاقه‌مند بود تا روحانیت در نسل وی باقی بماند از محمد درخواست کرد تحصیل را رها کرده به فراگیری دروس حوزوی بپردازد. محمد نیز با اطاعت از پدر وارد مدرسه فیضیه شد و تا سطح لمعه را آموخت.