مقام علمی آیت‌الله مجاهد شیخ حسین غفاری از بعد علمی نیز دارای ویژگی‌هایی بود. آن بزرگوار از همان اوایل طلبگی با جدیت تمام در حوزه‌های درسی اساتید حاضر می‌شد و با تلاش و مطالعه مضاعف یافته‌های خود را به سایر دوستان و هم‌درسانش انتقال می‌داد. آیت‌الله زاده سیدعلی میرغفاری در این باره می‌فرمایند: ایشان (شهید غفاری) در جلسات درسی فقه و اصول حضرت والدم مرحوم آیت‌الله سیدمحسن غفاری شرکت می‌کردند و با آمادگی قبلی در درس حضور می‌یافتند و خیلی وقت‌ها از استاد جلو بودند. شهید غفاری رسائل و مکاسب را نزد پدرم فرا گرفتند. در محضر اساتید بزرگواری چون امام راحل و حضرت آیت‌الله العظمی نجفی مرعشی (رحمة‌الله‌علیه) و سایر اساتید عظیم القدر، بیانگر مقام عالی آن شهید فرزانه است.