وی در اردیبهشت سال 1344 که مصادف با ایام محرم ‌الحرام بود به امید آنکه محلی برای تبلیغ پیدا کند به تهران رفت و در جلسات تبلیغ مرحوم آیت ‌الله فلسفی (ره) شرکت کرد. در تاریخ 20/2/1344 مرحوم آقای فلسفی در روضه دالان امین الملک منبر رفته بود، پس از پایان سخنرانی وی محمد منتظری با صدایی رسا فریاد زد: «خدایا تو را به روز عاشورا و این مصیبت عظما، دست‌های ناپاکی را که دستور قطع دست آیت ‌الله خمینی را داده‌اند برای همیشه محو و نابود کن.» مردم با شنیدن نام امام صلوات می‌فرستند. در همان مجلس شهید منتظری دستگیر و به اتهام ایجاد اخلال در نظم و تحریک مردم بازداشت موقت می‌شود. اولین حبس وی چندان طول نکشید و به سبب این‌که فاقد پیشینه کیفری و عضویت در احزاب و تشکل‌های سیاسی بود خیلی زود از چنگال رژیم آزاد شد. این روحانی جوان و مبارز پس از آزادی فعالیت‌های خود را دوباره از پیش گرفت و در نخستین روز از سال 1345 ساعت 30/5 بامداد به هنگام پخش اعلامیه در حرم مطهر حضرت معصومه (س) دستگیر شد.