محمد منتظری از فرصتی که در زندان برای او فراهم شد، خیلی خوب استفاده کرد و به مطالعه قرآن، حدیث، تفسیر و زبان انگلیسی پرداخت. او در زندان و تحت شدیدترین شکنجه‌ها از مرام انقلابی خود دست برنداشت به‌طوری‌که درباره انقلاب شاه و مردم با صراحت گفته بود: چون مقلد آیت‌الله امام خمینی است، لذا نظر او نظر آیت الله خمینی است. محمد منتظری در اواخر سال 1347 آزاد شد و بر اثر تجربیات مبارزاتی که در زندان به دست آورد دوره جدیدی از فعالیت‌های خود را آغاز کرد اگرچه ساواک به او گفته بود که حق اقامت در قم را ندارد اما بلافاصله بعد از آزادی به قم رفت و فعالیت‌های خود را آغاز کرد. او در زندان به این نتیجه رسید که باید به جای کار فردی کار تشکیلاتی و سازمان یافته انجام دهد، بنابراین به شناسایی و ارزیابی اشخاص پرداخت و به منظور عضوگیری تشکیلاتی و کادرسازی به تلاش عظیم دست زد. محمد منتظری در قم و نجف‌آباد دروسی را در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی برای طلاب برگزار کرد. چنان‌ که اشاره شد در سال‌های بین 1348 تا 1350 درس حکومت و اقتصاد اسلامی را به طلاب جوان می‌آموخت. او در سال‌های 1348 و 1349 در نجف‌آباد گروهی از جوانان فعال را به دور خود جمع کرد و کتابخانه‌ای سیار به وجود آورد. علاوه بر این جلسات متعددی را برای روشن نمودن افکار طلاب جوان نجف‌آباد برپا کرد. ازجمله اقداماتی که شهید محمد منتظری پس از آزادی انجام داد، افشاگری علیه مفاسد اقتصادی رژیم پهلوی بود. در سال 1348 او علیه شرکت‌های آمریکایی که در ایران سرمایه‌گذاری کرده بودند، افشاگری‌های انجام داد.