دوران مبارزه و‌ اندیشه‌های سیاسی آیت‌الله غفاری چون نیاکان شهیدش با هر نوع استبداد مبارزه می‌کرد. زبان حق‌گوی او در اوج خفقان رژیم شاهی رسواگر و افشاگر باطل بود. وی زمانی به مبارزات خود شدت بخشید و بر رژیم خودکامه و مستبد و خونخوار شاه حمله برد که روشن‌فکران خود فروخته و کمونیست‌های ملحد از رژیم منحوس شاه تجلیل می‌کردند. این مجاهد نستوه بی‌اعتنا به یاوه‌سرایی‌های گروهک‌های چپ و راست ابوذر‌گونه به شاه ظالم می‌تاخت. هم‌زمان با قیام تاریخی حضرت امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) در سال ۱۳۴۲ ش. آیت‌الله غفاری پشت سر امام از آرمان‌های والای او پشتیبانی نمود و دوران رنج و محنت و زندان و حبس را سپری نمود. در طول تحصیل در قم نیز هرگاه فرصتی می‌یافت به روستاها و شهرهای اطراف می‌رفت و به مبارزات پیگیر با استبداد همچنین به اشاعه فرهنگی غنی اسلام می‌پرداخت و اذهان پاک روستائیان را از غبار نیرنگ‌های رژیم مستبد شاه می‌زدود. آیت‌الله غفاری رژیم شاه را غاصب می‌دانست و اعتقاد داشت رژیم پهلوی با کودتا بر سر کار آمده و باطل است؛ لذا با اصل رژیم مخالف می‌کرد. آن بزرگوار پس از مهاجرت به تهران در سال ۱۳۳۹ ش. رسماً در جریان کار مبارزات سیاسی کشور قرار گرفت. البته آن زمان طبیعی بود که مبارزه با رژیم مستبد محمد رضاخانی روحیه‌ای خاص را طلب می‌کرد و آیت‌الله مجاهد غفاری این روحیه والای مبارزه با استبداد را داشت و از هر لحظه و هر زمان و مکانی نهایت بهره‌برداری را می‌کرد و علیه رژیم ستم‌شاهی سخن می‌گفت عوامل استبداد نیز از او ترس و واهمه‌ای فوق العاده داشتند. شروع فعالیت‌های سیاسی در تهران عالم فرزانه و بزرگوار و شجاع آیت‌الله غفاری در حدود سال ۱۳۳۷ش به توصیه امام خمینی و به جهت مبارزه با رژیم منحوس پهلوی به تهران آمدند و مبارزات سیاسی خود را با این رژیم آغاز نمودند و به صف مجاهدان آن دوران پیوستند. [۳] ایشان در طول زندگی در تهران در مسجد الهادی و مسجد خاتم‌الاوصیاء (که امامت جماعت آن‌جا را بر عهده داشتند) و هم‌چنین مساجد دیگر با سخن‌رانی‌هایی که نمود، به یکی از اصلی‌ترین و مهم‌ترین کانون‌های مبارزه با شاه تبدیل گشت و از سوی این رژیم بارها به زندان افتاد.