با آغاز حرکت مردمی بر ضد رژیم پهلوی، شفیع‌زاده به پخش اعلامیه‌های حضرت امام خمینی پرداخت. گهگاه از راهی مخفی از پادگان خارج می‌شد و بعد از تغییر لباس به جمع تظاهرکنندگان می‌پیوست. با اوج‌گیری درگیری‌ها با علمایی چون شهید آیت‌الله سید اسدالله مدنی و شهید آیت‌الله سیدعبدالحسین دستغیب در تماس بود و به‌منظور خنثی کردن تبلیغات حکومت‌نظامی از آن‌ها دستور می‌گرفت. باوجود فرمان امام مبنی بر ترک پادگان‌ها همچنان در پادگان ماند چراکه قصد داشت از اقدامات ارتش علیه مردم باخبر گردد. هنگامی‌که مأموران رژیم قصد تهاجم به منزل آیت‌الله مدنی را داشتند، شفیع‌زاده در مراسم عزاداری امام حسین (ع) نقشه مقابله با رژیم را طراحی کرد اما قبل از هر اقدامی ضداطلاعات باخبر شد و پس از دستگیری، او را به پادگان مرند تبعید کردند. درحالی‌که طبق قانون، مجازات سنگین‌تری را می‌بایست متحمل می‌شد.  در 16 بهمن 1357 خدمت سربازی شفیع‌زاده به پایان رسید. در 21 بهمن همان سال عازم تبریز شد و با باز شدن درب پادگان‌ها او و عده‌ای از دانشجویان تبریز اقدام به جمع‌آوری اسلحه کرده و گروه مسلحی جهت دستگیری ضدانقلاب و ساواکی‌ها سازمان‌دهی کردند. در مسجد آیت‌الله انگجی کلاس‌های آموزش نظامی ترتیب داد و به همراه چند تن از دوستان «سپاه توحیدی» را پایه‌ریزی کرد. بعدها سپاه توحیدی در تشکیلات سپاه پاسداران تبریز ادغام شد و او به‌عنوان مسئول عملیات سپاه تبریز در سرکوبی اشرار آذربایجان و حزب خلق مسلمان نقش فعال داشت