با شروع جنگ تحمیلی، شفیع‌زاده راهی جبهه نبرد شد. در آن زمان خرمشهر سقوط کرده و آبادان در محاصره دشمن بود. مهدی باکری و حسن شفیع‌زاده با یک قبضه خمپاره 120 میلی‌متری مأمور شدند تا به آبادان بروند. آن‌ها با زحمات بسیار از طریق ماهشهر به جبهه آبادان رسیدند. مهدی باکری فرمانده این قبضه و شفیع‌زاده دیده‌بان آن بود و سهمیه آن روزی سه گلوله خمپاره بود.14 در 30 خرداد 1360 دکتر مصطفی چمران نماینده امام و فرمانده ستاد جنگ‌های نامنظم به شهادت رسید و مسئولان به این نتیجه رسیدند که ستاد جنگ‌های نامنظم تحت نظر بسیج و با فرماندهی حسن شفیع‌زاده به فعالیت‌های خود ادامه دهد. بدین ترتیب او مسئول سازمان‌دهی و ادغام نیروهای جنگ‌های نامنظم در نیروهای بسیج شد. در همین زمان سازمان‌دهی توپخانه سپاه را پیشنهاد کرد. شفیع‌زاده در پاسخ به سؤال یکی از دوستانش که چه شد به فکر تشکیل توپخانه افتادی، گفت:  ما وقتی به جنوب اعزام شدیم روزهای اول جنگ بود... در آبادان ساختمانی دوطبقه بود و به‌عنوان دیده‌بان به داخل ساختمان رفتم. وقتی وسعت و شدت آتش دشمن را دیدم پیش خود فکر کردم که بین چهار خمپاره و امکانات عظیم دشمن توازن وجود ندارد. آن موقع احساس کردم به سلاح دیگری نیاز داریم.