او در سالهای 2006، 2008 و 2009 بازداشت شده بود و آخرین بار در حالی که مجروح بود و گلوله نیروهای امنیتی در بدنش وجود داشت در سال 2012 بازداشت شد. با وجود اعتراضات گسترده مردمی در 15 اکتبر 2014 دادگاه کیفری عربستان در دادگاهی که به صورت غیرعلنی و بدون نظارت سازمان‌های حقوق بشری برگزار شده بود شیخ نمر را به اعدام محکوم کرد. در 25 اکتبر 2015 و بعد از روی کار آمدن محمد بن نایف حکم اعدام شیخ نمر تأیید و مجوز اجرای آن صادر و با دستور پادشاه این کشور قابل اجرا بود. سرانجام در صبح روز دوم ژانویه 2016 عربستان شیخ نمر و چهار جوان شیعه معترض را اعدام کرد.