آغاز مبارزات سیاسیویرایش هر چند که در سال‌های ۱۳۲۹ و ۱۳۳۰ و ۱۳۳۱ در گردهمایی‌ها و نشست‌های سیاسی نهضت ملی شدن صنعت نفت در تهران و اصفهان شرکت می‌کرد، اما به گونه پیگیر تلاش‌های خود به رهبری روح‌الله خمینی را در سال ۱۳۴۱ و با تشکیل کانون دانش‌آموزان قم، با همراهی محمد مفتح، آغاز کرد. پس از سخنرانی او در جشن روز مبعث در دانشگاه تهران، هسته‌ای پژوهشی برای پژوهش پیرامون حکومت اسلامی تشکیل شد. به دستور ساواک، از قم به تهران فرستاده شد[۸] و در آن‌جا با هموندان هیئت‌های موتلفه اسلامی ارتباط برقرار کرد. با پیشنهاد شورای مرکزی مؤتلفه، روح‌الله خمینی برای این گروه شورای روحانیت و فقاهت تعیین کرد که محمد بهشتی به همراه مرتضی مطهری، محی الدین انواری و مهدی مولایی تشکیل دهندهٔ آن بودند. در سال ۱۳۴۳ در اثر فشار ساواک از آموزش و پرورش منتظر خدمت شد.