آلمان در سال ۱۳۴۳ کار ساختمان مسجدی در هامبورگ که ساخت آن با حمایت سید حسین طباطبایی بروجردی و هزینه شاه آغاز شده بود، رو به پایان بود. به دلیل بازگشت محمد محققی -نمایندهٔ سید حسین طباطبایی بروجردی- به ایران، مسلمانان هامبورگ از مراجع قم برای مسجد درخواست روحانی کردند. سید محمدهادی میلانی و حایری، بهشتی را برای این کار انتخاب کردند. از سوی دیگر به دلیل کشته شدن نخست‌وزیر حسن علی منصور به دست فداییان اسلام و نقش شاخهٔ نظامی هیئت‌های موتلفه در آن، دوستان بهشتی به دنبال خارج کردن او از کشور بودند. نخست ساواک از صدور گذرنامه برای این سفر جلوگیری کرد.[۱۱] اما با تلاش سید احمد خوانساری این مشکل برچیده شد و او در اسفند ۱۳۴۳ به آلمان رفت و در شکل‌گیری مرکز اسلامی هامبورگ و اتحادیه انجمن اسلامی دانش‌آموزان مسلمان - گروه فارسی‌زبانان - ایفای نقش کرد. در این مدت به سفر حج رفت و نیز سفرهایی به ترکیه، سوریه، لبنان و عراق برای آشنایی با تلاش‌های اسلامی و دیدار با موسی صدر و روح‌الله خمینی انجام داد. در ۱۳۴۹ سفری به ایران داشت که در آن سفر از سوی ساواک ممنوع‌الخروج شد و اقامت ۵ سالهٔ او در آلمان پایان یافت.