پس از پیروزی انقلاب و با شروع جنگ، با وجود آن که از رفتن به سربازی معاف شده، اما به ستاد جنگهای منظم شهید چمران وارد شده و به خط مقدم جبهه دفاع از کشور و انقلاب اعزام می شود.
پس از شهادت دكترچمران، علي با خانواده اش به سر مزار ايشان در بهشت زهرا (س) رفته و در آنجا قبري را كه در راستاي قبر شهيد چمران است به خانواده نشان داده و می گوید: «جای من این قبر خواهد بود.»