وی علاوه بر فعالیت‌های دینی و فرهنگی، در دوره‌های سوم و چهارم به ‌عنوان نماینده مردم کردستان در مجلس خبرگان رهبری انتخاب شد و همچنین در شورای عالی مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی به ‌عنوان عضو فعالیت داشت. ماموستا شیخ‌الاسلام هیچوقت از خواندن نماز شب نمی‌گذشت و حتی در اواخر عمرش نیز با وجود کهولت سن، اقدام به برگزاری کلاس‌های تفسیر قرآن در ماه مبارک رمضان می‌کرد که شهرت ویژه‌ای پیدا کرده بود. سرانجام فعالیت‌های علمی، دینی و فرهنگی ماموستا شیخ‌الاسلام و تلاش‌های خستگی‌ناپذیرش در راه اعتلای وحدت کلمه و دین اسلام باعث شد تا هدف کینه‌توزان و دشمنان اسلام قرار گیرد و در 27 رمضان (شب قدر) سال 1388 بعد از اقامه نماز مغرب در مقابل مسجد سیدقطب سنندج به‌دست عوامل مزدور به فیض شهادت نایل آید. پیکر مطهر حاج ماموستا محمد شیخ الاسلام نماینده مردم کردستان در مجلس خبرگان رهبری بعد از ظهر روز جمعه 27 شهریور1388 در میان حزن و اندوه نمازگزاران روزه دار سنندجی در قبرستان شیخ محمد باقر واقع در انتهای خیابان کشاورز سنندج به خاک سپرده می شود تا به دشمنان اسلام ثابت کند که مردم و علمای کردستان در دفاع از اسلام ناب محمدی (ص) عزمی راسخ و گامی استوار دارند و از شهادت هراسی ندارند