پس از عضویت در سپاه به عنوان فرماندهی یک گردان از نیروهای سپاه به کردستان اعزام شد.
سید یوسف و گردانش در چندین عملیات آزادسازی در مناطق مریوان شرکت کردند. عراقیها که جنگ را شروع کردند، به مقابله با ارتش متجاوز صدام پرداختند.
او به مدت 20 ماه در جبههی کردستان ماند و تحت فرماندهی احمد متوسلیان عملیات نمود. زمستان سال 1360 ترکش به پای راست و کمرش اصابت کرد. ترکش به نخاعش آسیب رساند و پای راستش را فلج کرد.