سید محمد در روزهاى اوج‌گیرى انقلاب اسلامى، مردانه به مبارزه علیه رژیم مستبد شاه روى آورد. به همین دلیل، یک بار توسط ماموران ساواک دستگیر شد و مورد شکنجه و آزار آنان قرار گرفت. اسحاقى بعد از پیروزى انقلاب اسلامى، به عضویت سپاه پاسداران رشت درآمد تا بتواند از دستاوردهاى انقلاب محافظت کند. او مسوولیت بسیج سپاه را پذیرفت. چندى بعد، به دفتر سیاسى سپاه تهران منتقل و مشغول کار شد.  شهید اسحاقی در سال ۱۳۵۸ وارد سپاه گیلان شد و پس از مدتی مامور به خدمت در سپاه منطقه سه که در چالوس مستقر بود اعزام شد. از فحوای کلام وی دانسته می‌شد که در دفتر سیاسی سپاه منطقه سه خدمت می‌کند. وی در طول خدمتش به سبب نوع کار به امور سیاسی و تاریخی علاقمند شد و در این زمینه مطالعات گسترده‌ای داشت و مترصد فرصت برای تحصیل کلاسیک در رشته تاریخ بود تا اینکه در یک ماموریت درون شهری در رشت به همراه « شهید رضا دانا » مورد حمله منافقین قرار گرفت و بر اثر شکستگی پا چند ماهی خانه نشین شد.