با شروع جنگ در چندین مرحله به جبهه‌های نبرد حق علیه باطل اعزام شد. در عملیات طریق‌القدس وی را به‌سبب پاتک‌های سنگین عراق از رفتن به خط مقدم منع نمودند ولی او گفته بود که الان وظیفه من جلو رفتن و روحیه دادن است. سیدمهدی اسلامی‌خواه درحالی‌که با لباس مقدس روحانیت عازم خط مقدم بود در تاریخ چهاردهم آذرماه سال ۱۳۶۰ هجری شمسی در سن بیست و چهار سالگی در بستان به مقام شامخ شهادت نائل آمد.