هجرت قاضی نورالله به هندوستان او علاوه بر مراتب عالیه علمی مختلف، شاعری بزرگ بود و دیوان اشعار دارد. اوایل شوال سال 299 ه.ق، وی از مشهد به هندوستان رفت. علت اصلی آن را مصیبت های دائم و فجایع و شورش های مکرر مشهد، گفته اند. سفر او به هند، در زمان "اکبر شاه هندی" بود و او مستقیما در ورود به هند، به «دیوان اکبر» پادشاه هندوستان رفت. در آنجا "فتح الله شیرازی" و حکیم "ابوالفتح گیلانی" بودند که قاضی نورالله را به "اکبر شاه" معرفی کردند. دو سال بعد، به دستور اکبر شاه، وی قاضی «لاهور» شد. زمانی که او به دیار هند گام نهاد، هندوستان آرام‌ترین روزگار خود را در تاریخ سپری می‌کرد و شاید این آرامش به روحیه اکبر شاه باز می‌گشت. اکبر شاه نوه بابر، از نسل تیمور پسر همایون شاه در چهارده‌سالگی به سلطنت رسید و لیاقت و درایت بیکرانی ازخود نشان داد و ممالک گجرات، بنگاله و کشمیر و سند را به تصرف خود درآورد و سلطنتی بزرگ تشکیل داد و شهرها و آبادی‌های بی‌شماری را بنیان نهاد. اکبر شاه گذشته از اینکه علاقه زیادی به عمران و آبادی داشت و عنایت خاصی به مسائل فلسفی داشت، اما عقیده چندان محکمی نسبت به دین خاصی نداشت.(1) همین نگرش اکبر شاه به دین موجب گشته بود که اکبر شاه به فکر ارائه دینی مشترک از کل ادیان افتاده و سپس هندوستان محل زندگی ملحدین گردد. قاضی نورالله شوشتری به هنگام ورود به آگره، نزد ابوالفتح مسیح الدین گیلانی طبیب حادق ایرانی و شاعر بزرگ رفت. مسیح الدین گیلانی بعد از فراگیری علوم و فنون در سال 983 وارد هندوستان شد و به خاطر قابلیت و استعداد خویش در زمره مقربان اکبرشاه درآمد.(2) در مورد اصحاب پیامبر(صلی الله علیه وآله) معتقد بود که اصحاب واقعی پیامبر کسانی هستند که دارای ایمان و عدالت باشند؛ تنها ملاقات و دیدار با پیغمبر برای این عنوان کافی نیست. معمولا مأموریت های قاضی نورالله، تحقیق در منازعات پیچیده بود. یکبار در سال 1000 ه.ق، مأمور تهیه گزارش از ایالت کشمیر به دلیل سوء اداره آنجا در حمله مغول شد. سال 1005 ه.ق، برای تحقیقات امور مذهبی و خیریه، به ایالت «اگرا» رفت. سال 1008 ه.ق، از طرف اکبر شاه، قاضی ارتش شد. وی تقیه نمی کرد؛ بلکه به مذهب شیعه عمل می کرد. اکبر شاه نیز به خاطر توانایی ها و صلاحیت هایش، علی رغم تشیع او، سمت هایی به او داد. حکیم ابوالفتح گیلانی قاضی نورالله را به اکبر شاه معرفی کرد. یک سال پیش از این، قاضی نورالله کتابی در مورد حضرت امیر(علیه السلام) در 9 فصل تالیف نموده بود که این کتاب را به امپراتور اهدا کرد و آن را(جلالیه) نامید که بر گرفته از لقب امیراتور(جلال الدین محمد) بود. هر چند اکبر شاه به قاضی نورالله و کتابش بسیار علاقمند شد، اما در دربار مقامی به او نداد.