شهید دکتر محمد چوبکار در سال 1339 در خانواده ای مذهبی بدنیا امد و در سالهای کودکی تحت توجهات پدربزرگش که مردی متدین بود عمر را سپری کرد. دوران تحصیل، ازمقطع ابتدایی تا دبیرستان را در شهر ستان بروجرد گذرانید و با معدل خوب موفق به اخذ دیپلم شد. همان سال در کنکور سراسری شرکت کرد و در رشته پزشکی دانشگاه اهواز قبول شد.
ایشان در بدو ورود به دانشگاه که همزمان بود با اوج گیری مبارزات ملت مسلمان ایران بر علیه رژیم طاغوت به انجمن اسلامی دانشجویان پیوست و همگام با سایر دانشجویان مسلمان در تظاهرات و اعتصابات بر علیه رژیم ستم شاهی شرکت نمود. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نامبرده از چهره های فعال انجمن اسلامی دانشکده پزشکی بود و در حفاظت از دانشگاه در مقابل حملات ساواکی ها و ضد انقلابیون مشارکت داشت.