مشروطه او نماینده علمای گیلان در مجلس دوره اول شورای ملی بود. برای انتخاب نماینده روحانیون رشت، علماء در منزل شریف العلماء جمع شدند، آقامیر بحرالعلوم را انتخاب نمودند. این انتخاب مورد اعتراض عده ای از طلاب قرار گرفت. آنان معتقد بودند که این انتخابات از روی نظامنامه مجلس صورت نگرفته است. این موضوع توسط میرزا صالح خان آصف الدوله حاکم رشت به مجلس گزارش شد. گزارش مغرضانه آصف الدله باعث شد که در تهران برای حاجی بحرالعلوم مشکلاتی ایجاد شود. نمایندگان مجلس پیشنهاد دادند که چگونگی امر انتخاب وی از حاجی ملامحمد خمامی روحانی متنفذ گیلان سوال شود و سید محمد طباطبایی در جواب پاسخ داد که «بدواً» نوشته شده و بعضی جواب دادند که انتخاب او بر خلاف نظامنامه است. علمای گیلان در تلگرافی به سید محمد طباطبایی و سید عبدالله بهبهانی، انتخاب آقامیر بحرالعلوم رشتی را تأیید نمودند. از امضاکنندگان این تلگراف حاجی ملامحمد خمامی و امام جمعه بودند. بحرالعلوم ۱۵ ذیقعده ۱۳۲۴ هـ.ق به رغم وجود مخالفت های مردم شبانه به تهران حرکت نمود و ۱۸ ذیقعده ۱۳۲۴ به مجلس شورای ملی رفت و اعتبارنامه اش تأیید شد. در صفر ۱۳۲۵ هـ.ق ملامحمد خمامی و عده دیگر از علماء به علامت نارضایتی از عملکرد انجمن رشت و مخالفت با مشروطیت، از رشت خارج شد و در صحرای ناصریه چادر زد. در تلگرافی به مجلس اعلام کرد که «تا از طرف دولت و مجلس تکلیفی برای انجمن های رشت معین نشود به شهر باز نخواهد گشت» مجلس شورای ملی در تلگرافی از او تقاضای همراهی با مشروطه را نمود و قول رسیدگی و اعزام مأمور را داد. در همین زمان مشخص شد که حاجی آقامیر بحرالعلوم رشتی تلگرافی به یکی دیگر از روحانیون همراه ملامحمد خمامی، آقا سیدمحمد زده است به این شرح: «حرکت حجت الاسلام به موقع مراجعت صحیح نیست گوش به آن تلگراف نفرمایید. تلگراف به مجلس که تمام انجمن های رشت موقوف و دو نفر مفسد ]سیدعبدالله بهبهانی و سیدمحمد طباطبایی[ از طهران خارج نتیجه گرفته می شود و بهتر این است». این مسأله باعث خشم دیگر نمایندگان مجلس شد و در نتیجه در ۴ ربیع الاول ۱۳۲۵ هـ.ق با ورود بحرالعلوم به جلسه مجلس، هشت تن از نمایندگان به اعتراض از مجلس خارج شدند و نایب رییس وقت، وثوق الدوله از بحرالعلوم خواست تا به اتاق دیگری برود تا به این موضوع رسیدگی شود