با خروج بحرالعلوم نمایندگان معترض بازگشتند. عده ای از وکلای دیگر به این حرکت خروج نمایندگان اعتراض نمودند و عقیده داشتند که بهتر بود مجلس به بحرالعلوم اخطاری می داد که تا زمانی که صحت این تلگراف مشخص نشده و مجلس به آن رسیدگی نکرده است از آمدن به مجلس بپرهیزد.
سید محمد طباطبایی نیز پس از گفت وگو با بحرالعلوم اعلام کرد که او خود به صحت این تلگراف اقرار کرده است. عده ای از نمایندگان خواستار اخراج او از مجلس شدند ولی ترتیب اثری داده نشد.
آقامیر بحرالعلوم رشتی به گروه مشروعه خواه پیوست. در شوال ۱۳۲۶ هـ.ق او به همراه چند روحانی دیگر به عتبات رفتند. یکی از همراهان وی آقاشیخ ضیاء فرزند شیخ فضل الله نوری بود. این سفر وی این گونه تعبیر شد که بنا به دستور محمد علی شاه به عتبات رفته است تا همراهی مراجع تقلید را با شاه جلب کند.
شهادت
در رمضان ۱۳۲۶ حاج میرزاحسین حاجی میرزا خلیل برای اعتکاف به مسجد سهله در نجف رفت. حاجی آقامیر بحرالعلوم رشتی نیز به همراه یاران خود برای ملاقات با وی به این مسجد رفتند. هم زمان با حضور حاجی آقامیر رشتی در مسجد سهله بود که حاجی میرزاحسین حاجی میرزا خلیل درگذشت.
شایعه مسموم شدن وی توسط آقامیررشتی بحرالعلوم پخش شد. این شایعه دشمنی مشروطه خواهان را نسبت به وی تشدید نمود، تا این که قزوین در ۱۴ ربیع الثانی ۱۳۲۶ هـ.ق توسط مشروطه خواهان تصرف شد. اولین اقدام مشروطه خواهان قلع و قمع مخالفان بود.
حاجی آقامیر بحرالعلوم رشتی و پسر بزرگش سید جواد نیز از عتبات بازگشته بودند و در قزوین بودند. آنان توسط گروه مشروطه خواه در ۱۸ ربیع الثانی ۱۳۲۷ق (مصادف با اردیبهشت ۱۲۸۸ ش) دستگیر و در عمارت رکنی تیرباران کردند و در همانجا به خاک سپرده شدند. بعد معلوم شد که این شایعه هیچ اساسی نداشته است. مزارحاجی میر بحرالعلوم هم اکنون در آن منطقه معروف است.
فرزندی دیگر و مجاهدی دیگر
آیت الله بحرالعلوم یک پسر دیگر به نام «سید حسن» نیز داشت که سالها بعد در دهه ۴۰ تا پیروزی انقلاب اسلامی این پسر جزء علمای طراز اول گیلان به حساب می آمد. در نهضت امام خمینی در سال ۱۳۴۲ نیز از طرفداران پروپا قرص امام خمینی بود که در اعتراض به دستگیری امام خمینی دستگیر و مدتها در زندان های رژیم به سر برد.
—————————————