مرگ دوستان و از دست دادن حامیان قاضی نورالله بعد از مرگ بعضی از دوستان و یاران با وفای شاه و حامیان خودش و بعد از برگشتن از «اگرا» تصمیم گرفت به ایران برگردد؛ ولی تلاش او به نتیجه نرسید و کم کم از حمایت اکبر شاه و اطرافیان او محروم و تنها حامی اش، حکیم علی گیلانی بود که او نیز سال های آخر حیات سلطنت اکبر شاه، در گذشت و از این رو، قاضی نورالله تنها ماند. مخصوصا با سلطنت سلطان سلیم، بعد از مرگ اکبر شاه، رهبران متعصب سنی، فشار زیاد بر او آورده و روز به روز، زندگی برایش سخت و دشوار شد. قاضی نورالله در حالی که مذهب خود را مخفی نگه می داشت، بر اساس فقه چهار مذهب سنی درس گفته و نظر خود را بر آنان ترجیج می داد. بعدها اکبر شاه، سلطان هندوستان به سبب فضل و لیاقت و کاردانی او را قاضی القضاة کشور هندوستانش نامید و در ضمن از او خواست که بر وفق مذاهب اربعه و اجتهاد خودش در سرزمین پهناور هندوستان به کرسی قضاوت نشیند. بعضی از علمای اسلامی هندوستان که پیر و مذاهب اربعه بودند، گه گاه به سلطان، حکم قضاوت او را که بر منوال مذهب جعفری بود معروض می داشتند. اما شهید در پاسخ امرا و علما با ذکر دلایلی کافی قضاوت اسلامی خویش را با استناد به آیات و احادیث به اثبات می رسانید و آنها را جوابی در مقابل اجتهاد اسلامی قاضی نبود. عالمان حسود دربار سلطان اکبرشاه همواره در صدد بودند تا روزى او را از چشم سلطان انداخته، زمینه بر کنارى یا قتل او را فراهم سازند. قاضى در خصوص رسم دیرینه علماى اهل سنت در شوراندن حاکمان بر ضد دیگران ـ خصوصا علماى تشیع ـ اشاره مى کند و مى نویسد: رسم دیرینه برخى اهل سنت است که چون به مقتضاى کلام معجز(فبهت الذى کفر) در اثبات مطالب باطله خود از خصم مبهوت و عاجز گردند و به مقدمات علمى کار نتوانند ساخت، به شمشیر و بوکده و قلمتراش با او مناظره نمایند و اگر از آن نیز عاجز باشند، تهمتى بر او اندازند و سلطان وقت را بر او متغیر سازند و اگر بر آن نیز قادر نباشند، مرگ او را به دعا آرزو کنند. حاسدان هر روز در پى فرصتى نشستند تا سخن و حرکتى را از او مشاهده کنند و به سعایت او برخیزند تا اینکه قضات و مفتیان شنیدند که روزى قاضى نورالله کلمه «علیه الصلاة و السلام» را در حق مولى الموحدین به کار برده است. از این رو آن را بدعت و مختص به نبى برشمردند و فتوا به حلال بودن خون او دادند. در این خصوص حکمى را تهیه و امضا کرده، نزد اکبر شاه فرستادند. آنان همه امضا کردند؛ مگر یکى از بزرگان ایشان که مخالفت کرد و بیتى را به این مضمون نوشت و به نزد اکبر شاه فرستاد:    گر لحمک لحمى بحدیث نبوى هى       بى صل على نام على بى ادبى هى معنی: اگر چنین است که پیامبر درباره حضرت على علیه السلام فرموده است: لحمک لحمى(یعنى اى على! گوشت تو گوشت من است)، پس نام بردن از على علیه السلام بدون صلوات بر على علیه السلام، بى ادبى نسبت به پیامبر است. اکبر شاه از کشتن قاضى نورالله صرف نظر کرد و محبت او بیش از پیش در قلب وى افزون شد. نظر او در مورد تقیه، مثبت بود؛ ولی می گفت باید در موارد اضطراری به کار گرفت. در مورد اصحاب پیامبر، معتقد بود که اصحاب واقعی پیامبر کسانی هستند که دارای ایمان و عدالت باشند؛ تنها ملاقات و دیدار با پیغمبر برای این عنوان کافی نیست. وی، اختلافات و اغتشاشات در مذهب شیعه را، از احادیث جعلی خوارج و غلات، می داند. دیدگاه او به صوفیان اینکه، آنها را به طور مطلق تائید نمی کرد؛ ولی صوفیان پاک ضمیر را در بقای معتقدات شیعه در بین مسلمانان، موثر می دانست.