برخی از آثار قاضی نورالله در شمار کتب ایشان اختلاف نظر است؛ ولی آیت الله مرعشی نجفی رحمه الله علیه در مقدمه کتاب «احقاق الحق» تصنیفات این بزرگ مرد عرصه سیاست و نگارش را 140 کتاب ذکر می‌کند. از میان کتب قاضی نورالله شوشتری چهار کتاب او از جایگاه ویژه‌ای برخوردار است که آنها را از زبان بزرگان نقل می‌کنیم: 1. احقاق الحق کلماتش حاکی از تبحّر علمی اوست و آن را در ردّ کتاب «ابطال الباطل» قاضی فضل بن روزبهان اصفهانی عامی نوشته است. کتاب قاضی فضل بن روزبهان در ردّ کتاب «نهج الحق و کشف الصدق» علامه حلی تألیف شده و قاضی نورالله در این اثر با بیان منطقی و زیبا و رسا، کتاب فضل بن روزبهان را پاسخ گفته و در بطلان دیدگاه وی به کتاب‌های خود اهل سنت استشهاد نموده است.(4) 2. مجالس المؤمنین این اثر احوال جماعتی از علما، حکما، ادبا، عرفا، شعرا و رجال متقدم و راویانی است که به اعتقاد قاضی نورالله همگی شیعه مذهب‌اند. افزون بر اینها در بردارنده حکایات و قصه‌ها و روایات آنها، همچنین گذری به شهرها و احوالات ایشان است.(5) 3و 4. «الصوارم المهرقه» در جواب «الصواعق المحرقه» و کتاب «مصائب النواصب» از آنجا که شیخ حر عاملی(متوفی1110) در امل الآمل خود این دو کتاب اخیر را در کنار احقاق الحق و کتب دیگر نام می‌برد، بیانگر این مطلب است که این کتاب های مهم قاضی در همان عصر صفویه در جهان اسلام شهرت داشته است.(6) از دیگر آثار شهید ثالث می توان امرالعصمه، دافعة الشقاق، سحاب المطر، سبعه سیاره، الانفعالیه و البحر الغزیر فی تقدیر الماء الکبیر را عنوان کرد. آنچه تا کنون درباره قاضی نورالله نقل شد، از دانشمندان شیعی بود. اکنون شایسته است که عباراتِ جمعی از علمای اهل تسنّن را درباره ایشان نقل کنیم، تا خواننده گرامی بداند که هر دو گروه به فضل قاضی اقرار کرده و بر علوّ مقامش اجماع دارند. عالم فاضل منصف عبدالقادر بن ملوک شاه بداونی در کتاب خود(7) گوید: در واقع او قدرت مُفتیانِ گستاخ و مغرور و مُحتسبان فریبکار و نیرنگ بازِ لاهور را کاهش داده است. با فرمان او راه دزدی و رشوه بسته شد و به همان دقت که هستۀ میوه، درون پوسته‌اش جای می‌گیرد، آن‌ها را در محدوده‌های مناسب متوقف کرد و چنان نظم و نظامی پدید آورد که بالاتر از آن متصوّر نیست؛ قاضی نورالله شوشتری، اگر چه شیعی مذهب است، اما بسیار به صفت نصفت و عدالت و نیک نفسی و حیاء و تقوا و عفاف و اوصاف اشراف موصوف است و به علم و حلم و جودت فهم و حدت طبع و صفای قریحه و ذکاء مشهور است. صاحب تصانیف لایقه است. توقیعی بر تفسیر مهمل شیخ فیضی نوشته که از حیّز تعریف و توصیف بیرون است. با تألیف چندین کتاب و رساله او و مقالاتی که به خصوص در کتاب «احقاق الحق» در انتقاد از سه خلیفه اول نوشت، خشم رهبران اهل تسنن را برانگیخت؛ تا جائی که در سال 1019 ه.ق، در بین راه او را گرفتند و به شهادت رساندند. محدث قمی، کیفیت قتل قاضی نورالله را ـ به مانند آنچه محدث نوری از تذکره شیخ علی حزین نقل کرده – آورده است و پس از آن می افزاید: صاحب طرائق الحقائق در شرح حال قاضی نورالله، از او تجلیل کرده، برخی از آثار او را برشمرده و آنگاه می گوید: و کیفیت شهادت آن جناب، چنان که بعضی نوشته اند، آن است که در معبر و برسد راه او، بعضی نواصب کمین کرده، چون فرصت یافتند، او را گرفتند و برهنه نمودند و با شاخه های درخت پرخار، آن قدر بر بدن آن سیّد ابرار زدند که اعضای او از هم جدا شد و جان به جان آفرین تسلیم نمود و به این جهت بر آن جناب، اطلاق شهید ثالث می نمایند.(8) قاضی نورالله شوشتری کعبه دین بود و مشعل دیانت، دریای موج خیز دانش و فروغ فروزنده تشیع، شمشیر دفاع گر مذهب حق، درفش افراشته و زبان گویای حقیقت و یک تن از آنان که خداوند ایشان را برای یاری حق و نشر هدایت می انگیزد. قاضی نورالله همواره در راه خدایی خویشتن به جان کوشید، تا سرانجام شربت شهادت نوشید. خون پاک او را خداوند هیچ گاه فراموش نخواهد کرد؛ امروز مزار او در آگره هندوستان زیارتگاه میلیون‌ها مسلمان بیدار دل شبه جزیره است.