او همزمان با تحصیل دبیرستان در اصفهان، دروس حوزوی را هم تا حد فقه و اصول گذراند و از همین رو علاوه بر تسلط به عربی، به مبانی و مباحث فقهی هم آشنایی خوبی داشت. با پایان دبیرستان به تهران آمد و لیسانس خود را در ادبیات فارسی و فوق‌لیسانس خود را در رشته جامعه‌شناسی از مؤسسه عالی علوم اجتماعی تهران کسب کرد. در رشته جامعه‌شناسی شاگرد اول شده بود، لیکن به‌دلیل تسلط ملی‌گرایان مصدقی بر این مؤسسه، از دادن بورس تحصیلی خارج از کشور به آیت که به طرفداری از کاشانی شناخته شده بود، خودداری کردند. اتفاقاً از جمله کسانی که از سوی این مؤسسه بورس تحصیلی خارج از کشور دریافت کردند، یکی «سید ابوالحسن بنی‌صدر»، یک مصدقی دوآتشه ضدآخوند بود که بعدها اولین رییس جمهوری اسلامی ایران شد! داستان تقابل سید حسن آیت و سید ابوالحسن بنی‌صدر بعد از پیروزی انقلاب، خود یکی از مهم‌ترین فرازهای زندگی شهید آیت بود. تا زمانی که مرحوم کاشانی زنده بود، سید حسن آیت جوان هم در خط ایشان حرکت می‌کرد و مدافع خط‌مشی و مرام سیاسی کاشانی بود. با وفات آیت الله کاشانی در اسفندماه سال 40، آیت 23ساله که گویی فعالیت سیاسی با ذات و سرشت او عجین بود، باید برای ادامه مسیر مبارزه با استبداد پهلوی، از سه مسیر موجود یکی را برمی‌گزید: یا روش ملی‌گرایان طرفدار مصدق در دو شاخه جبهه ملی (لائیک) یا نهضت آزادی (مذهبی اما سکولار)، یا حزب توده که مشی مارکسیست ــ لنینیست داشت، یا روش طرفداران آیت الله کاشانی که به‌صورت ویژه تحت رهبری مظفر بقایی در حزب «زحمتکشان» گرد هم آمده بودند.