در چنین فضایی، آیت برای ادامه مبارزه، حزب زحمتکشان را انتخاب کرد که توسط بقایی اداره می‌شد. لازم به ذکر است که مظفر بقایی در آن مقطع، گرچه ذاتاً انسان متشرعی نبود، اما چندان بروز ضدمذهبی عمومی نداشت، مضاف بر اینکه وقتی مراد سیاسی آیت، سید کاشانی، به بقایی اعتماد و اطمینان داشت و حتی پسران آیت الله کاشانی جملگی از یاران بقایی در زحمتکشان بودند، بر آیت 4ــ23ساله حرجی نبود. تازه روابط پیچیده بقایی با سرویس‌های اطلاعاتی بیگانه در آن زمان از پرده برون نیفتاده بود و اطلاعاتی که امروز ما درباره بقایی داریم، در آن زمان موجود نبود.
«اسدالله بادامچیان» از دوستان شهید آیت که از همان دوران مبارزه با رژیم شاه، با او در ارتباط بود، در این زمینه گفت:
"اینکه چرا او وارد حزب زحمتکشان شده است، دلیلش این بود که در جریان نهضت ملی شدن نفت، دو جریان وجود داشت؛ یکی جریان آیت‌الله کاشانی و دیگری جریان مصدق. دکتر آیت جزو طرفداران جدی آیت‌الله کاشانی و مخالفان مصدق بود، بنابراین در این حرکت جریانی، به دکتر بقایی که از حامیان آیت الله کاشانی بود نزدیک شد و این نزدیکی او را به‌طرف کار تشکیلاتی با دکتر بقایی پیش برد. اما از وقتی امام ظهور کردند، دیگر کسی نیاز به این افراد نداشت، به همین دلیل آیت با امام همراهی کرد و اختلاف‌هایش از همان‌جا با دکتر بقایی شروع شد و در نتیجه از حزب زحمتکشان کنار رفت، بنابراین فعالیت او در حزب زحمتکشان مثل فعالیت همان کسانی است که در انقلاب اسلامی ما با گروه‌های گوناگون فعالیت کردند، ولی بعد از نهضت امام، با امام همراهی کردند. البته مخالفان شهید آیت از هر بهانه‌ای علیه او استفاده کردند".
با این حال، آیت جوان در همان سال‌های نخستین دهه 40، تلاش متمرکز و منظمی را آغاز کرد که به حزب زحمتکشان صبغه‌ای مذهبی ببخشد و در پلات‌فرم حزب، جایی برای مذهب باز کند. نمود این تلاش، نامه‌ای مفصل و چند ده صفحه‌ای بود که آیت در آذر 42 خطاب به رهبر حزب، بقایی، نوشت و نقش مهم و کلیدی مذهب را در مبارزه سیاسی در کشوری شیعه و دینمدار مثل ایران، یادآور شد. در بخشی از این نامه که مصداق بارزی از امر به معروف و نهی از منکر است، می‌خوانیم:
"در مرامنامه (حزب زحمتکشان) حتماً باید بعضی از اموری که جنبه مذهبی دارد و موجب جلب افراد مذهبی می‌شود گنجانده شود و نیز به مذهب اسلام و اجرای قوانین مذهبی اشاره گردد تا ضمن اینکه عده‌ای بدین وسیله به ما می‌گروند در آینده هم از حربهٔ دین بر علیه ما استفاده‌ای نتوانند بکنند. همین اصلاحات ارضی را مطابق قوانین اسلامی شدید‌تر و بهتر از این می‌شود انجام داد که صدای کسی هم درنیاید و همین حال را دارد بسیاری از امور دیگر. ما باید از نیروی روحانیون حداکثر استفاده را بکنیم. بیشتر با آنها و مردم متدین مراوده داشته باشیم، یقیناً به موفقیت ما کمک شایانی خواهد کرد".
البته کسانی چون «محمد قوچانی» که به‌دلایلی کاملاً مشخص آیت را نواخته‌اند و او را که خود قربانی نفاق شد، به نفاق متهم کرده‌اند(!) این نامه مهم و قابل تأمل آیت به بقایی را مصداق «نهان‌روشی» و توصیه به استفاده ابزاری از دین می‌خوانند. اما باید دقت داشت که آیت 25ساله در سال 42 به رهبر 51ساله حزب که یک سیاستمدار شناخته‌شده و بسیار پیچیده بود، نامه نوشت و طبیعتاً نمی‌توانست در همان ابتدای امر از او بخواهد که حزب خود را به یک حزب تمام‌اسلامی تبدیل کند. اما همین که یک جوان 25ساله در مقطعی که هنوز نهضت امام فراگیر نشده و عموم مردمان تصوری از نقش‌آفرینی دین در سیاست و حکومت اسلامی ندارند، از رهبر حزب خود می‌خواهد که اسلام را وارد مرامنامه حزب کند، نمی‌توان نامی دیگر جز «بصیرت» بر آن نهاد. آیت حتی با جسارت مثال‌زدنی خود، از در نصیحت رهبر کارکشته حزب درمی‌آید و به او گوشزد می‌کند که هیچ‌گاه در منظر عموم، کاری صورت ندهد که مغایر با شرع باشد