در سال های 41 و 42، با ظهور حضرت امام خمینی به‌عنوان یک رهبر مذهبی ــ سیاسی جدید در سپهر سیاست ایران، این آیت بود که با همراه کردن جوانان مذهبی حزب زحمتکشان همچون محمود کاشانی و محمدباقر کاشانی (فرزندان آیت الله کاشانی) توانست پذیرش مرجعیت دینی امام را به موضع رسمی حزب تبدیل کند. آنها حتی در جریانات خرداد 42، نشریه‌ای مفصل در حمایت امام و روحانیت در مسئله «لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی» منتشر کردند. این تحرکات آیت و کسانی که در حزب تحت تأثیر تفکر او بودند، به‌شدت مورد مخالفت رهبری حزب، مظفر بقایی، بود که به هیچ عنوان به روحانیت به‌عنوان یک نیروی فعال سیاسی اعتقادی نداشت و کاملاً به حکومت مشروطه سلطنتی پایبند بود. دکتر «حسین آبادیان»، در کتاب خود «زندگینامه سیاسی دکتر مظفر بقایی» درباره این مقطع از فعالیت حزب، چنین نوشته است: "تحولات سالهای 1341 و 1342،‌ بسیاری از نیروهای حزب زحمتکشان را که با انگیزه‌های مذهبی وارد صفوف این تشکیلات شده بودند،‌ در مقابل مواضع رسمی بقائی قرار داد... بدون تردید برجسته‌ترین منتقد خط‌مشی بقائی در این زمان،‌ سید حسن آیت بود". به‌واقع، آیت و طیف او در این برهه در دست‌کم سه زمینه با رهبری حزب زحمتکشان در تقابل بودند: جشن گرفتن سالروز کودتای 28 مرداد و «قیام ملی» خواندن این کودتا توسط بقایی، عدم‌حمایت از حضرت امام و روحانیون و سکوت در برابر سرکوب قیام 15 خرداد، نبود کوچک‌ترین انتقاد به شاه و دربار از جانب رهبری حزب.