3- میرحسین موسوی: دشمنی میرحسین موسوی با سیدحسن آیت به دلیل افشاگری هایش علیه میرحسین و همسرش، قابل انکار نیست. امیر سعید نقي زاده سهی، عضو واحد دانشجویی حزب جمهوری اسلامی و قائم مقام مديرمسئول نشريه كارگري حزب (صالحان سازنده) که از قبل از پیروزی انقلاب اسلامی با شهید آیت حشر و نشر داشته است و خود را مرید ایشان می داند، مي گويد:«شهيد آيت، بارها در جلسات حزب، ميرحسين موسوي و زهرا رهنورد را التقاطي معرفي مي كرد و مخالف حضور او در بدنه ارشد حزب بود. شهيد آيت تشكل هايي همچون جبهه ملي، نهضت آزادي و سازمان مجاهدين خلق را حلقه هاي پي در پي يك زنجير مي دانست و تشكيلاتي مثل جاما و جنبش مسلمانان مبارز را هم كه حبيب الله پيمان رئيس آن بود، در چارچوب اين جريان ارزيابي مي كرد. شهيد آيت معتقد بود که استعمار در برابر مبارزان اصيل، مبارزان قلابي و بدلي به وجود مي آورد و از اين رو ميرحسين را يک انقلابي قلابي مي دانست كه براي انحراف جريان اصيل در ميان آن قرار گرفته است. »
لذا در جریان رأی اعتماد مجلس به موسوی جهت پست وزارت امور خارجه در مجلس، شهید آیت به میرحسین موسوی اعتراض و او را شایسته ی این پست نمی داند؛ ولی اعتراض او توسط مجلس نادیده گرفته می شود و موسوی وزیر امور خارجه می شود. در فاصله ی این رخداد و اربعین شهدای هفتم تیر، بی کفایتی بنی صدر آشکار و وی از کشور می گریزد. بنابراین لازم می آید که یک بار دیگر، وزرای کابینه، رأی اعتماد از مجلس کسب کنند. شهيد آيت يك ماه بعد از نطق قبلي اش در مجلس شوراي اسلامي و در حالي كه براي نطق جديدي عليه موسوي حاضر گشته بود و قصد حركت به سوي مجلس را داشت، صبح روز 14 مرداد 1360 در برابر منزل خود هدف رگبار قرار گرفت و به شهادت رسيد و سرانجام ميرحسين موسوي25 مرداد 1360، منصب وزارت خارجه را از شهيد رجايي كه به طور همزمان سرپرست وزارت امور خارجه نيز بود، تحويل گرفت. برخی از مورخان، ارتباط میرحسین موسوی با جریانات فراماسونری و سعی آیت در افشای اسناد آن در روز شهادتش را در این ترور مؤثر می دانند.