سید مهدی حکیم در ۱۳۱۴ش در نجف به دنیا آمد، پدرش آیت‌الله سید محسن حکیم بود. نسبش به سادات طباطبایی می‌رسد که به امام حسن مجتبی(ع) منتهی می‌شود. وی مقدمات حوزه را نزد شیخ محمد تقی الفقیه، منطق، اصول و فقه در سطح عالی را نزد سید محمد و سید احمد حکیم، خارج اصول و فقه را نزد آیت‌الله خوئی، سید محمدباقر صدر و شیخ حسین حلی فراگرفت.[ سید محمدمهدی به همراه شخصیت‌هایی مانند سید محمد باقر صدر، یکی از مؤسسان حزب‌ الدعوة الاسلامیة در ۱۳۳۷ش بود.[۲] وی در ۱۳۴۲ش، به نمایندگی پدر خود، عازم بغداد شد. او در تأسیس مدارس امام جواد(ع) در بغداد و کاظمیه و دانشکده اصول دین شرکت داشت و یکی از مدرسان این دانشکده بود. همچنین از مؤسسان جماعة العلماء فی النجف الاشرف بود و از شخصیت‌های محوری آن به شمار می‌آمد.[۳] سید محمدمهدی حکیم در جنبش اسلامی عراق در دهه ۱۳۴۰ش و مقابله با اقدامات دین‌ستیزانه حکومت‌های وقت نقش بسزایی ایفا نمود. به همین دلیل حزب بعث حاکم، در ۱۳۴۸ش او را به ارتباط با کشورهای خارجی و تلاش برای براندازی دولت و همکاری با کردها در مبارزه با حکومت وقت متهم کرد و درصدد دستگیری وی برآمد. بنابراین سیدمحمدمهدی مجبور شد عراق را ترک کند و به عربستان سعودی برود. او از آنجا به اردن، ایران و پاکستان سفر کرد و در ۱۳۵۰ش عازم دبی شد.[۴]