قدر مسلم در مدت سه سالي كه قرني در زندان (دور اول) به سر ‌برده، با روحانيان مخالف نظام شاهشاهي دوستي و رابطه نزديك پيدا كرد. به اين سبب بود كه پس از حوادث 15 خرداد 1342 و به دنبال دستگيري و زنداني شدن امام خميني (ره)، در بهمن همان سال، سرلشكر قرني نيز براي دومين بار، به اتهام داشتن رابطه با آيت‌ الله‌ طالقاني و بعضي از روحانيان، از جمله آيت‌ الله‌ العظمي محمد هادي ميلاني، زنداني شد. پس از چند ماه كه در زندان قزل‌حضار به سر ‌برد، در سال 1343 به زندان قصر منتقل شد تا دوران محكوميت خود را در آنجا بگذراند. شهيد قرني پس از پايان محكوميت سه ساله خود، در دي‌ماه 1345 از زندان آزاد شد. البته رفت و آمد و ارتباط‌هايش تحت كنترل شديد ساواك قرار داشت. از اين‌ رو، با احتياط زيادي عمل مي‌كرد و اجازه نمي‌داد نقطه ضعفي از او بگيرند. اين وضعيت تا آستانه انقلاب اسلامي ادامه داشت، تا اين كه شهيد قرني در جريان انقلاب به نيروهاي انقلابي پيوست. به هنگام شكل‌گيري و گزينش اعضاي شوراي انقلاب كه از سوي حضرت امام خميني (ره) صورت مي‌گرفت و همگي از صافي‌هاي متعدد بايد عبور مي‌كردند، او به عضويت اين شورا انتخاب شد. هر چند نه خودش و نه ديگران اين موضوع را حتي پس از مشخص شدن اسامي اعضاي شوراي انقلاب مطرح نكردند و تنها چندي پيش (1381 و در چاپ نخست كتاب «ناگفته‌هايي از زندگي سپهبد قرني» به قلم آقاي احمد نوروزي فرسنگي) موضوع عضويت شهيد قرنی در شوراي انقلاب عنوان و معلوم شد كه وی به‌ عنوان عضو نظامي شوراي انقلاب، با تأييد حضرت امام (ره) در اين شورا حضور داشته است.