شهيد قرني با كمك نيروي زميني و هوانيروز، به‌رغم خطرات زيادي كه وجود داشت، توانست لشكر را از محاصره نجات دهد. اقدامات نظامي قاطعانه شهيد قرني مورد قبول دولت موقت نبود و از طرفي شهيد قرني هم حاضر نبود روش نظامي خود را كه مخالفت با مماشات بود، عوض كند. لذا وي استعفاي خود را نوشت، به قم برد و تسليم حضرت امام (ره) كرد. امام (رحمه‌الله‌عليه) نيز با استعفاي شهيد قرني مخالفت كرده و از او خواستند كه به تهران باز گردد و به مسئوليت خود ادامه دهد. چندي بعد از اين اتفاقات، مرحوم مهندس بازرگان شهيد قرني را به دفترش دعوت كرد. در اين ملاقات بازرگان به قرني گفته بود كه استعفايش را پذيرفته است. شهيد قرني گفته بود كه استعفايش را به امام داده، نه به نخست‌وزير! آقاي بازرگان گفته بود كه امام استعفاي شما را پذيرفته‌اند. شهيد سرلشكر قرني با شنيدن اين حرف به دفترش تلفن كرده و با امير سرلشكر هادي شادمهر (معاونش) صحبت كرده و مي‌گويد كه ديگر به محل كارش نخواهد آمد. (نوروزي فرسنگي، 1383)