روایت «محسن شجاعی» راننده و محافظ سپهبد قرنی که تنها شاهد ماجرا بوده، از نحوه ترور ایشان توسط اعضای گروه فرقان در کتاب «مرزبان؛ زندگی‌نامه شهید قرنی» این گونه آمده است: «یک روز متوجه شدم یک گروه نقاش به خانه ایشان آمده تا جا‌هایی از منزل را رنگ کند. به نقاش گفتم شما که دارید اینجا کار می‌کنید، مواظب باشید که یک‌وقت در حیاط را باز نکنید. کُلتم کنارم بود و لب حوض نشسته بودم. یکی از نقاش‌ها روی نردبان بود و دیگری هم داشت نقاشی می‌کرد. یک پسربچه هم همراهشان بود که سطل‌ها را تمیز می‌کرد.
سپهبد قرنی یک سینی چای آورد. گفتم این‌ها که بالا نشسته‌اند، مدام دارند ما را کنترل می‌کنند؛ منظورم کسانی بودند که از بالکن یکی از اتاق‌های هتل واقع در روبه‌روی خانه مشرف بودند.
قرنی گفت تو چقدر به این‌ها گیر می‌دهی. حدود ساعت ۹ صبح بود، همین‌طور که داشتیم چای می‌خوردیم در خانه را زدند، تا من بلند شوم که در را باز کنم، پسربچه‌ای که کمک نقاش‌ها بود، بی‌اختیار دوید و در را باز کرد. تا من بیرون برسم، یکی از فرقانی‌ها، اسلحه کلاشینکف را زیر گلویم گذاشت. کُلتم که کالیبر ۴۵ داشت را از من گرفت و با ضربه‌ای خشابش را بیرون پراند و خشاب را گوشه باغچه انداخت و کُلتم را پرتاب کرد طرف دیگر حیاط.
مهاجمین مرا هُل دادند و به رویم رگبار بستند، من هم اشهدم را خواندم و به دیوار چسبیدم. فقط مدام می‌گفتم تو را به خدا به تیمسار کاری نداشته باشید، آدم خوب و خیرخواهی است. گفتند ساکت شو حرف نزن و بعد داخل خانه دویدند. دو تیر شلیک کردند و سوار موتور شدند و به سرعت از محل رفتند.
دو گلوله به سینه و پای قرنی اصابت کرده بود. پیکر وی با وانتی به بخش جراحی بیمارستان مهر منتقل شد، اما سرلشکر قرنی چند لحظه بعد از انتقال به بخش جراحی درگذشت.»