پس از تبعید امام خمینی به خارج از کشور مسئولیت استاد مطهری و یارانش سنگین‌تر می‌شود. در این زمان وی به تألیف کتاب در موضوعات مورد نیاز جامعه و ایراد سخنرانی در دانشگاهها، انجمن اسلامی پزشکان، مسجد هدایت، مسجد جامع نارمک و غیره ادامه می‌دهد. به طور کلی استاد شهید که به یک نهضت اسلامی معتقد بود نه به هر نهضتی، برای اسلامی کردن محتوای نهضت تلاشهای ایدئولوژیک بسیاری نمود و با کجروی ها و انحرافات مبارزه سرسختانه کرد. در سال ۱۳۴۶ به کمک چند تن از دوستان اقدام به تأسیس حسینیه ارشاد نمود به طوری که می‌توان او را بنیان گذار آن مؤسسه دانست. ولی پس از مدتی به علت تک روی و کارهای خودسرانه و بدون مشورت یکی از اعضای هیئت مدیره (ناصر میناچی) و ممانعت او از اجرای طرح های استاد و از جمله ایجاد یک شورای روحانی که کارهای علمی و تبلیغی حسینیه زیر نظر آن شورا باشد سرانجام در سال ۱۳۴۹ علی‌رغم زحمات زیادی که برای آن مؤسسه کشیده بود و علی‌رغم امید زیادی که به آینده آن بسته بود، در حالی که در آن چند سال خون دل زیادی خورده بود از عضویت هیئت مدیره آن مؤسسه استعفا داد و آن را ترک گفت.