در سال ۱۳۴۸ به خاطر صدور اعلامیه‌ای با امضای ایشان و علامه طباطبایی (ره) و آیت‌الله حاج سید ابوالفضل مجتهد زنجانی مبنی بر جمع اعانه برای کمک به آوارگان فلسطینی و اعلام آن طیّ یک سخنرانی در حسینیه ارشاد، دستگیر شد و مدت کوتاهی در سلول انفرادی بسربرد. از سال ۱۳۴۹ تا ۱۳۵۱ برنامه‌های تبلیغی مسجد الجواد را زیر نظر داشت و غالباً خود سخنران اصلی بود تا اینکه آن مسجد و به دنبال آن حسینیه ارشاد تعطیل گردید و بار دیگر استاد مطهری دستگیر و مدتی در بازداشت قرار گرفت. پس از آن استاد شهید سخنرانی های خود را در مسجد جاوید و مسجد ارک و غیره ایراد می‌کرد. بعد از مدتی مسجد جاوید نیز تعطیل گردید. در سال ۱۳۵۴ ممنوع‌المنبر گردید و این ممنوعیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت.