گرچه ارتباط استاد مطهری با امام خمینی پس از تبعید ایشان از ایران به وسیله نامه و غیره استمرار داشته است ولی در سال ۱۳۵۵ استاد موفق گردید مسافرتی به نجف اشرف نموده و ضمن دیدار با امام خمینی، درباره مسائل مهم نهضت و حوزه‌های علمیه با ایشان مشورت نماید. پس از شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی و آغاز دوره جدید نهضت اسلامی، استاد مطهری به طور تمام وقت در خدمت نهضت قرار می‌گیرد و در تمام مراحل آن نقشی اساسی ایفا می‌نماید.