استاد مطهری در روز سه شنبه 11 اردیبهشت 1358 ساعت ده و بیست دقیقه شب توسط گروهک جنایتکار فرقان به شهادت رسید.
فرقان اطلاعیه ای صادر کرد که خیانت شخص مرتضی مطهری در به انحراف کشاندن انقلاب توده های خلق بر همه روشن بود لذا اعلام انقلابی نام برده انجام پذیرفت.
پیکر او به دستور حضرت امام به قم منتقل شد و در حرم به خاک سپرده شد و آیت ا...العظمی گلپایگانی بر او نماز گذارد.