شهادت در دی ماه ۱۳۶۶ش جبهه ملی - اسلامی سودان از سید مهدی حکیم دعوت کرد تا در کنفرانسی که برای دومین بار، در خارطوم پایتخت سودان، برگزار می‌گردد، شرکت کند. بعثی‌های عراق نیز که از این دعوت آگاه شدند و قصد ترور وی را داشتند، سرانجام در ۲۹ جمادی الاول ۱۴۰۸ق/ ۲۹ دی ۱۳۶۶ش وی را به شهادت رساندند.[۷] بعد از انتقال پیکر ایشان به تهران و تشییع وی، به قم منتقل شد و در مسجد بالاسر حرم حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد.[۸]