اداره دادستانی انقلاب تهران در زمانی که گروهک ها بخصوص منافقین با جمع آوری سلاح در خانه های تیمی بیش از چند هزار نفر از مردم تهران را به شهادت می رساندند و پایتخت هر روزشاهد درگیری های مسلحانه بین نیروهای امنیتی انقلاب و گروهک ها بود، بسیار دشوار بود. برخورد مقتدرانه لاجوردی با محاربین سبب شد تا نارضایتی کسانی که دوستان و یا اقوامشان در این برخوردها زندانی و یا اعدام می شدند، برانگیخته شود. بازداشت حسن لاهوتی، پدر دامادهای هاشمی رفسنجانی از جمله این برخوردها بود. همچنین توصیه ناپذیری لاجوردی سبب نارضایتی شدید جناح چپ شده بود. بهزاد نبوی پس از گذشت نزدیک 30 سال از اعدام محمدرضا سعادتی، رهبر منافقین در زندان اوین هنوز نمی تواند عصبانیتش را پنهان کند.