از اصلی‌ترین فعالیت‌های شهید پس از انتصاب به سمت دادستانی کل کشور، مبارزه با گروهک‌های مسلح منافقین و ضدانقلاب بود. او به همراه افرادی چون شهید آیت‌الله دکتر بهشتی و شهید لاجوردی توانست اقدامات موثری در سرکوبی جریانات ایجاد شده از سوی منافقین و ضدانقلاب انجام دهد. از جمله اقدامات شهید قدوسی در سرکوب منافقین و ضدانقلاب انتشار اطلاعیه‌ای در 19فروردین1360 بود. این اطلاعیه شامل ۱۰ماده بود که با امضای شخص آیت‌الله قدوسی منتشر شد