وقتی مبارزات سال 41 آغاز شد، آقای هاشمی‌نژاد جزو فعال‌ترین عناصر مبارز در خراسان بود و در میان علمای مشهد او یك عنصر اصلی و فعال محسوب می‌شد. در سال 42 وی در تهران سخنرانی داشت كه پس از آن او را به همراه عده زیادی از دیگر علما و خطبای تهران دستگیر كردند. او مدتی در زندان ماند و این اولین بازداشت او بود آقای هاشمی‌نژاد در راه مبارزه از همان گام‌‌های نخست طعم تلخ آزار، تعقیب و زندان رژیم را چشید و لیكن این زجرها همان طور كه انتظار می‌رفت تأثیری نبخشید، جز آنكه او را در راهش استوارتر كند. این واقعیت را می‌توان در فعالیت‌‌های پس از زندان آن بزرگوار به وضوح مشاهده كرد.
در مشهد در یكی از فصول منبر و سخنرانی كه دقیقاً یادم نیست دهه فاطمیه یا مناسبت دیگری بود، او سخنرانیهای مفصلی ایراد كرد و در آنجا لوایح ششگانه شاه را كه آن روز با هیاهوی بسیار از آن یاد می‌شد و بنا بود كه به اسم انقلاب به زور به خوردِ افكار عمومی دیکته شود، حلاجی كرد.
آن لوایح را با استدلال و بحث متین رسوا كرد، به‌‌طوری كه در آخرین جلسات این دوره سخنرانی، رژیم بالاخره طاقت نیاورد و به مسجدی كه او در آنجا سخنرانی می‌كرد، وحشیانه حمله برد. مأموران دستگاه در آن روز به مردم تیراندازی كردند و عده‌‌ای هم زخمی شدند و سرانجام آقای هاشمی‌نژاد را دستگیر كردند. این دومین بازداشت آقای هاشمی‌نژاد بود. بعد از آن او در مشهد فعالیت خود را كمتر كرد، اما برای سخنرانیهای مذهبی به دیگر شهرها از جمله تهران می‌رفت و همچنان به مبارزات خویش ادامه می‌داد