در سال 53 یا 54 او مجدداً به دنبال فعالیت‌‌های سیاسی تند و بی‌‌‌پروایی كه داشت به اتفاق آقای طبسی در مشهد دستگیر شد. این بار گرفتاری او در زندان دو سال به طول انجامید. در اواخر سال 55 او در زندان مشهد از نزدیك با گروهك‌ها آشنا شد و از مجموع این برخوردها تجربیات ارزنده‌‌ای اندوخت و دریافت‌‌های خود را به خارج از زندان منتقل كرد. از همان اوقات بود كه كینه‌ آقای هاشمی‌نژاد در دلِ گروهك منافق پدید آمد، زیرا او از نزدیك چم و خم كارهای آنها را دیده و دورویی، نفاق و انحرافات فكری آنها را لمس كرده بود. وقتی وی از زندان بیرون آمد، ضمن اینكه انحرافات این گروه‌ها را به خوبی می‌دانست، درصدد آن بود كه شاید بتواند آنها را با ملاطفت و ملایمت و نصیحت به مسیر صحیح بكشاند و در این راه چه كوشش‌ها كه نكرد.