استاد شهيد و این فرمانده دلیر يكسال پيش از آغاز جنگ تحميلي با نگاشتن نامه اي تحركات جبهه عراق و خطر حمله قريب الوقوع آنان را به رئيس جمهور وقت(بنی صدر) گوشزد مي نمايد ولی با بي توجهي او روبرو مي گردد.
پيرو اين روشنگري ها نيروهاي مردمي كرمانشاه در آذر ماه ۵۸ كنسولگري عراق را كه مشغول نقشه برداري و جمع آوري اطلاعات از منطقه است تصرف مي نمايند و اسنادي را نيز در اختيار آن شهيد قرار مي دهند.
شهيد جعفري در مصاحبه خويش با روزنامه اطلاعات در اسفند ۵۸ بار ديگر بر خطر حمله عراق تصريح نموده و با وجودی که در این زمان هیچ گونه مسئولیت رسمی در کشور نداشت تنها از روی احساس تکلیف، از تابستان ۵۹ رأساً دو مجموعه را به سركردگي شهيدان مفقودالاثر امير سالمي و داوود رضواني در مرزهاي خسروي و گيلانغرب مستقر مي نمايد تا آخرين تحركات دشمن را به صورت روزانه به ايشان گزارش نمايند. متأسفانه با هجوم ارتش عراق به ایران این دو گروه که در نزدیک ترین خط مرزی ایران با عراق مستقر بودند با مقاومت محدودی متلاشی و دو فرمانده غیور آن به شهادت می رسند.
استاد شهید با سخنرانی های متعدد در کرمانشاه به دعوت عمومی و بسیج نیروهای مردمی به جهاد اهتمام نموده شخصاً با جمعی از یاران و شاگردان جان بر کف خویش به عنوان نخستین گروه پیشتاز در مبارزه و جهاد به جبهه ی دشمن در حال پیشروی می شتابند و در حالی که دشمن از سرپل ذهاب گذشته است با آنان روبرو می شوند. راهبرد سردار شهید و همرزمان او در این نبرد نابرابر اجرای عملیات چریکی و وارد کردن ضربات متعدد بر پایگاه ها و مراکز نظامی و ماشین های زرهی دشمن در طول شب به منظور افزایش خسارت و تلفات مهاجمان و عدم امکان پیشروی و زمین گیری ماشین جنگی دشمن است.
یک ماه مقاومت سرسختانه این گروه اندک که با حمایت هوانیروز کرمانشاه خصوصاً رشادتهای شهیدان علی اکبر شیرودی و احمد کشوری و یحیی شمشادیان پشتیبانی شده و منجر به زمین گیر شدن سپاه سوم عراق در دشت ذهاب و نهایتاً تخلیه و عقب نشینی آنها از منطقه شهری سرپل ذهاب و انتقال جبهه مقاومت ایران به ارتفاعات قراویز در غرب سرپل ذهاب می گردد.
در تمام اين مدت درسهای نهج البلاغه شهيد در خط مقدم نيز ادامه می يابد. او پاسدار توام جبهه های جنگ و فرهنگ بود.
عاقبت در 5 آبان 1359 در شب خجسته عيد غدير ولايت مرتضوی در خط مقدم جنگ و ارتفاعات قراويز و در حالی که برای برگرداندن پیکرهای مطهر همرزمان خود به عمق جبهه دشمن نفوذ کرده بود بر اثر اثابت به مین به اجداد پاک و شهيدخويش تاسی نموده پس از عمری کوتاه اما بسيار پربرکت
در حال سجده
جان به جان آفرين تسليم می نمايد.
علمای کرمانشاه بر پيکر او نماز مکرر میگذراند و مردم کرمانشاه با شکوه ترين تشييع را در خاطره اين شهر برای او بر پا میکنند.
آيت ا... سيد مرتضی نجومی به خط خوش خويش بر سنگ مزار ايشان نگاشت : درود بر تو ای عزيز روزگار و ای ابا صالح
لقد عشت سعيدا و مت سعيدا و ستبعث بعدا حياً سعيدا